202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2563 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2563  cytochrome B561  100 
 
 		 199 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.280781  normal  0.537439 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3330  cytochrome B561  43.89 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.889907  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0204  cytochrome b561, putative  44 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.437761  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0183  putative cytochrome b561  44 
 
 		 193 aa  126  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661097  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0137  cytochrome B561  42.44 
 
 		 189 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0274557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3234  cytochrome B561  43.82 
 
 		 177 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.730011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3034  cytochrome B561  43.75 
 
 		 188 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.693999  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0241  cytochrome B561  37.29 
 
 		 195 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.263387  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0170  cytochrome b561, putative  33.33 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0151  putative cytochrome b561  33.33 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.232004  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1412  cytochrome B561  34.46 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2495  putative cytochrome B561  31.69 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.943457 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  30.23 
 
 		 196 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1861  cytochrome B561  31.32 
 
 		 178 aa  73.2  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.846018  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3599  cytochrome b561 family protein  26.23 
 
 		 189 aa  72  0.000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.206371  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2073  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  27.84 
 
 		 213 aa  70.5  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636056  normal  0.331643 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01053  predicted cytochrome b561  27.23 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.580116  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2589  cytochrome B561  27.23 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.806134  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01061  hypothetical protein  27.23 
 
 		 188 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649815  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1436  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.7 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.887549  normal  0.160518 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2543  cytochrome B561  26.7 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.210551  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1180  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.7 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.901054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1179  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.7 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11530  Cytochrome B561 family protein  40.57 
 
 		 174 aa  68.9  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.473896  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2271  nickel-dependent hydrogenase b-type cytochrome subunit  26.7 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1225  YceJ  26.87 
 
 		 190 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.307715  normal  0.414708 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0418  cytochrome B561  31.75 
 
 		 196 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  30.98 
 
 		 186 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0522  hypothetical protein  29.57 
 
 		 189 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.336315  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1571  cytochrome B561  27.6 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.896883 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0361  cytochrome b561 family protein  30.68 
 
 		 177 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  30.65 
 
 		 186 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1817  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  30.68 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.196863  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  30.73 
 
 		 190 aa  65.5  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0072  cytochrome B561  28.87 
 
 		 196 aa  65.1  0.0000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  30.98 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0934  cytochrome b561 family protein  30.68 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  30.99 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  31.49 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0447  cytochrome b561 family protein  30.68 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0200  cytochrome b561 family protein  30.68 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1903  cytochrome B561  30.68 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.722116  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1406  cytochrome b561 family protein  30.68 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.617578  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  28.9 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  29.48 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1888  cytochrome B561  25.95 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.743741  hitchhiker  0.000498058 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  30.6 
 
 		 184 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05500  hypothetical protein  29.03 
 
 		 189 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  29.73 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4855  cytochrome B561  31.49 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.745808  normal  0.0891705 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4982  cytochrome B561  31.49 
 
 		 183 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  28.96 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1084  cytochrome b561 family protein  30.23 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.148515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  29.57 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  29.57 
 
 		 186 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1745  cytochrome B561  34.21 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.399847  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3682  cytochrome B561  28.02 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.388705  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0508  cytochrome B561  29.57 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  29.44 
 
 		 184 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4984  cytochrome B561  29.95 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0448124 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5031  cytochrome B561  31.52 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.416621  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  29.82 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  28.11 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  30.22 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6306  cytochrome B561  31.18 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2745  putative cytochrome B561  30.29 
 
 		 191 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2215  hypothetical protein  27.36 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.511005 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  28.07 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2031  YceJ  26.87 
 
 		 192 aa  59.7  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0980  putative cytochrome b561  25.57 
 
 		 177 aa  59.7  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1269  hypothetical protein  27.36 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01688  cytochrome B561  30.6 
 
 		 187 aa  59.3  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.883966  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  28.07 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1610  cytochrome B561  26.67 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.726643  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1738  hypothetical protein  27.51 
 
 		 186 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0392514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1254  hypothetical protein  27.86 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.73358 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1272  cytochrome B561  28.02 
 
 		 190 aa  58.5  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.900483  normal  0.0192884 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  28.18 
 
 		 184 aa  57.8  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2517  cytochrome B561  25.27 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2532  cytochrome B561  31.36 
 
 		 206 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0098  putative cytochrome B561  30.99 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0967  cytochrome B561  25.68 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1848  cytochrome B561  25.13 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.739636  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1178  cytochrome B561  23.63 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000103692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1177  cytochrome B561  23.63 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000321845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1049  cytochrome B561  27.64 
 
 		 410 aa  55.1  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.183438  normal  0.102385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1248  cytochrome B561  23.63 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00191634  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3371  cytochrome B561  25.68 
 
 		 183 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1322  cytochrome B561  22.99 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00114864  normal  0.0249294 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0469  cytochrome B561  30.46 
 
 		 175 aa  54.3  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02672  cytochrome b561, putative  25.27 
 
 		 188 aa  53.9  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0073  cytochrome b561, putative  29.55 
 
 		 175 aa  53.9  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.475436  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2822  cytochrome B561  28.49 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.79842  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1930  cytochrome B561  24.19 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2791  cytochrome B561  27.87 
 
 		 182 aa  53.9  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3871  putative cytochrome b561  25.63 
 
 		 195 aa  53.9  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.614366  normal  0.414753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3042  cytochrome B561  22.99 
 
 		 183 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000618987  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1820  cytochrome b561 family protein  24.19 
 
 		 184 aa  53.5  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593327  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  27.07 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2794  cytochrome B561  27.53 
 
 		 174 aa  52.8  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>