More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1570 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 305 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.721041  normal  0.0225106 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7029  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  76.55 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.29 
 
 		 307 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.366148 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2301  oligopeptide transporter permease  59.61 
 
 		 306 aa  361  9e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0415169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4405  alkaline phosphatase  59.93 
 
 		 306 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1953  oligopeptide transporter permease  59.61 
 
 		 306 aa  358  8e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1400  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1582  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.733786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1936  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.164891 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1873  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.741835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1879  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  356  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.675854 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2700  oligopeptide transporter permease  58.63 
 
 		 306 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0475614  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1959  oligopeptide transporter permease  58.63 
 
 		 306 aa  355  3.9999999999999996e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.162478  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2162  oligopeptide transporter permease  58.63 
 
 		 306 aa  355  3.9999999999999996e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0136059  normal  0.0309495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1986  oligopeptide transporter permease  58.63 
 
 		 306 aa  355  6.999999999999999e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.879407  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01218  oligopeptide permease ABC transporter membrane protein  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2404  Alkaline phosphatase  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000374689  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01228  hypothetical protein  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.227767  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1353  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00072076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1392  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.897764  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1896  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.22801  normal  0.152903 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2384  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.423477  hitchhiker  0.00000144694 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1730  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  8.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.377342  normal  0.0825578 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1413  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.933952  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2069  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.186457  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2194  oligopeptide transporter permease  58.96 
 
 		 306 aa  353  2e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0464785  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2287  oligopeptide transporter permease  58.31 
 
 		 306 aa  353  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0289151  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02948  oligopeptide transporter permease  54.07 
 
 		 306 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0610  oligopeptide transporter permease  52.77 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0022  alkaline phosphatase  52.77 
 
 		 306 aa  326  3e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203407  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002960  oligopeptide transport system permease protein OppB  52.74 
 
 		 291 aa  311  9e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4686  alkaline phosphatase  47.88 
 
 		 307 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0426131  normal  0.374964 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1480  ABC oligopeptide transporter, inner membrane subunit OppB  47.56 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.526899  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0131  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 		 307 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.591349  normal  0.87569 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2889  alkaline phosphatase  47.88 
 
 		 307 aa  295  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0591  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.96 
 
 		 308 aa  293  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.101579  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2420  nickel-transporting ATPase  47.21 
 
 		 305 aa  290  3e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.827843  normal  0.256782 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.84 
 
 		 307 aa  288  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2902  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppB  46.96 
 
 		 312 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0918369  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1252  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.96 
 
 		 312 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3018  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppB  46.96 
 
 		 312 aa  288  9e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4437  Nickel-transporting ATPase  47.6 
 
 		 312 aa  288  1e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.856404 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2218  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.65 
 
 		 312 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0756  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, inner membrane subunit  47.28 
 
 		 312 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0386  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppB  46.65 
 
 		 312 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49589  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0352  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.65 
 
 		 312 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1535  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppB  46.65 
 
 		 312 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1725  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppB  46.65 
 
 		 312 aa  285  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4504  alkaline phosphatase  46.96 
 
 		 312 aa  285  7e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.450593  normal  0.293278 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0116  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  46.01 
 
 		 312 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3600  alkaline phosphatase  46.58 
 
 		 307 aa  282  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 312 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0536  oligopeptide ABC transporter, permease protein  46.25 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0178861  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0466  oligopeptide ABC transporter, permease protein  45.93 
 
 		 307 aa  280  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_931  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  46.23 
 
 		 305 aa  279  5e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.541229  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1404  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  47.23 
 
 		 307 aa  276  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.756785  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 312 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 312 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3264  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0105181 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2835  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.37 
 
 		 307 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.301492 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0942  nickel-transporting ATPase  45.57 
 
 		 305 aa  276  3e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.541988  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.42 
 
 		 311 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.679809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.37 
 
 		 307 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335255  normal  0.353351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2029  phosphoglycerate mutase 1  42.16 
 
 		 311 aa  265  8.999999999999999e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3781  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.25 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.373556 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003658  oligopeptide ABC transporter permease protein  48.12 
 
 		 266 aa  256  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.57 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  0.426674 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5344  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.41 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167219  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 		 307 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3020  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.46 
 
 		 305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121257  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.76 
 
 		 306 aa  242  7e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000794188  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.06 
 
 		 308 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4640  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.298513  hitchhiker  0.00733729 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4273  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.88 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.685752 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00478237  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6092  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.56 
 
 		 306 aa  235  7e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0336  ABC transporter, permease protein  41.04 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0225977  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0759  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 		 306 aa  230  2e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000961636  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0952742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1078  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.95 
 
 		 320 aa  228  7e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.23 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.983667 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0186  oligopeptide ABC transporter permease  40.07 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0185  oligopeptide ABC transporter permease protein  40.07 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0205  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.07 
 
 		 307 aa  225  8e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0205  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0229  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5114  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0210  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.74 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0173  oligopeptide ABC transporter, permease  39.07 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00506447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0176  oligopeptide ABC transporter, permease  39.07 
 
 		 305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>