30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3388 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3388  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  510  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3136  hypothetical protein  61.73 
 
 		 244 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.030981  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3694  hypothetical protein  50.82 
 
 		 275 aa  249  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03943  hypothetical protein  48.39 
 
 		 253 aa  233  2.0000000000000002e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3715  hypothetical protein  47.98 
 
 		 259 aa  208  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.937408  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  41.2 
 
 		 1657 aa  166  4e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1240  bifunctional xylanase/esterase; CBM9 module, glycoside hydrolase family 8 protein and carbohydrate esterase family 4 protein  37.08 
 
 		 1748 aa  61.6  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.267391  normal  0.341436 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4979  Carbohydrate-binding family 9  33.33 
 
 		 1418 aa  58.5  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.502529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3727  b-glycosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 8 protein  32.18 
 
 		 1223 aa  57  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0598979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1238  beta-xylosidase/endoglucanase  31.25 
 
 		 1275 aa  55.8  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2379  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 11 protein  34.15 
 
 		 1160 aa  55.5  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.000000600941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0643  Carbohydrate-binding family 9  32.14 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000132287  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  31.46 
 
 		 1059 aa  55.1  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  31.46 
 
 		 1059 aa  55.1  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  23.9 
 
 		 1018 aa  54.3  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  25.64 
 
 		 1037 aa  53.5  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3463  Carbohydrate-binding family 9  28.23 
 
 		 691 aa  52.4  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0207696  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2043  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 10 protein  30.12 
 
 		 1247 aa  50.8  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  29.67 
 
 		 1020 aa  51.2  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2042  CHU large protein, xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 5 protein  30.12 
 
 		 1217 aa  50.4  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  30.12 
 
 		 1585 aa  50.4  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  30.12 
 
 		 1474 aa  50.1  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2040  esterase-like protein  30.12 
 
 		 1002 aa  50.4  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.400928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2683  Endo-1,4-beta-xylanase  32.08 
 
 		 1331 aa  48.1  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0364  putative lipoprotein  31.63 
 
 		 494 aa  47.8  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1648  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  37.78 
 
 		 1146 aa  47  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.479186  hitchhiker  0.00101634 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  26.42 
 
 		 1495 aa  46.2  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  29.59 
 
 		 1041 aa  43.5  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0638  Endo-1,4-beta-xylanase  30.34 
 
 		 1780 aa  42.7  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.806584 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  28.57 
 
 		 1050 aa  42  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>