30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3136 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3136  hypothetical protein  100 
 
 		 244 aa  507  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.030981  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3388  hypothetical protein  61.73 
 
 		 245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3694  hypothetical protein  50.79 
 
 		 275 aa  238  6.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03943  hypothetical protein  49.4 
 
 		 253 aa  235  6e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3715  hypothetical protein  46.67 
 
 		 259 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.937408  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1221  glucose/sorbosone dehydrogenase-related  41.28 
 
 		 1657 aa  159  6e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.141757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2379  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 11 protein  39.08 
 
 		 1160 aa  67  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.000000600941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1240  bifunctional xylanase/esterase; CBM9 module, glycoside hydrolase family 8 protein and carbohydrate esterase family 4 protein  37.93 
 
 		 1748 aa  63.5  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.267391  normal  0.341436 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4979  Carbohydrate-binding family 9  34.78 
 
 		 1418 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.502529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1238  beta-xylosidase/endoglucanase  32.74 
 
 		 1275 aa  60.1  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3727  b-glycosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 8 protein  35.23 
 
 		 1223 aa  58.2  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0598979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2319  glycoside hydrolase family 10  29.6 
 
 		 1495 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0863  endo-1,4-beta-xylanase  24.54 
 
 		 1059 aa  53.9  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0885  endo-1,4-beta-xylanase  24.31 
 
 		 1059 aa  54.3  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.389282  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1715  Endo-1,4-beta-xylanase  30.87 
 
 		 1037 aa  53.1  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000895355  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0643  Carbohydrate-binding family 9  24.18 
 
 		 215 aa  52.8  0.000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000132287  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1101  endo-1,4-beta-xylanase  25.25 
 
 		 1018 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2683  Endo-1,4-beta-xylanase  35.64 
 
 		 1331 aa  50.1  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2043  xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 10 protein  30 
 
 		 1247 aa  49.3  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2041  polyfunctional acetylxylan esterase/b-xylosidase/a-L-arabinofuranosidase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 43 protein and carbohydrate esterase family 6 protein  30 
 
 		 1585 aa  48.9  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2040  esterase-like protein  30 
 
 		 1002 aa  48.9  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.400928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2042  CHU large protein, xylanase, CBM9 module, glycoside hydrolase family 5 protein  30 
 
 		 1217 aa  48.9  0.00008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2044  beta-xylosidase/alpha-L-arabinofuranosidase- like protein  30 
 
 		 1474 aa  48.5  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2320  glycoside hydrolase family 10  27.27 
 
 		 1050 aa  48.1  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1549  endo-1,4-beta-xylanase  34.12 
 
 		 1020 aa  47  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0176143  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3463  Carbohydrate-binding family 9  27.39 
 
 		 691 aa  47  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0207696  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0364  putative lipoprotein  29.31 
 
 		 494 aa  47  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0563  hypothetical protein  34.78 
 
 		 369 aa  45.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0231  endo-1,4-beta-xylanase  32.94 
 
 		 1041 aa  43.9  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540515  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2035  hypothetical protein  32.58 
 
 		 356 aa  43.5  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>