More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2398 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 271 aa  521  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  98.15 
 
 		 271 aa  511  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4239  ABC transporter, permease protein  73.06 
 
 		 271 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3973  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  73.06 
 
 		 271 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.219679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1342  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72.49 
 
 		 271 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.8 
 
 		 271 aa  374  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.108142  normal  0.0447378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.31 
 
 		 271 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1123  ABC transporter, permease protein  56.51 
 
 		 271 aa  310  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.15 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.605139  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.82 
 
 		 273 aa  306  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0741  ABC transporter permease  59.62 
 
 		 273 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.52 
 
 		 272 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.809849 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.72 
 
 		 272 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0151255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.56 
 
 		 272 aa  301  7.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.78 
 
 		 272 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.504609  normal  0.500913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 		 270 aa  301  9e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 		 272 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.470988  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.3 
 
 		 272 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2498  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  56.83 
 
 		 272 aa  295  4e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.476701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.47 
 
 		 272 aa  280  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.690729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.95 
 
 		 270 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.53 
 
 		 271 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.69 
 
 		 283 aa  256  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.67 
 
 		 272 aa  250  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.93 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  34.98 
 
 		 285 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  36.32 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 		 279 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 		 279 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12960  taurine ABC transporter permease  36.32 
 
 		 272 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299757  normal  0.321121 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  36.95 
 
 		 275 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  37.31 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  33.99 
 
 		 279 aa  112  9e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  36.45 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  36.45 
 
 		 275 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  35.96 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  35.96 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  33.99 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.67 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  35.96 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  33.99 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  33.99 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.45 
 
 		 279 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  35.96 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0396  taurine transporter subunit  36.95 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2535  putative taurine ABC transporter, permease protein  32.69 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.832577  normal  0.34867 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  30.92 
 
 		 253 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  30.92 
 
 		 283 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 283 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 		 276 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.374556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 		 288 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  27.76 
 
 		 263 aa  99.8  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3295  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.18 
 
 		 279 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.28 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 		 273 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0466  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.61 
 
 		 262 aa  95.9  7e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 		 267 aa  95.9  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 		 273 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 		 273 aa  95.5  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 		 275 aa  95.5  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.04 
 
 		 267 aa  95.5  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1323  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  31.02 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0560082 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.99 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.99 
 
 		 271 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.228654 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 		 271 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0409101  normal  0.884011 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 		 265 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.77 
 
 		 272 aa  92.8  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0833403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21600  aliphatic sulfonates ABC transporter, inner membrane component  34.72 
 
 		 284 aa  92.8  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 		 265 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1078  ABC transporter, nitrate-like  29.2 
 
 		 275 aa  92.4  6e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.193306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.96 
 
 		 284 aa  92  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.69 
 
 		 260 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 		 265 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4887  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.71 
 
 		 296 aa  92  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0123695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 		 265 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 		 277 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.750363  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3598  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.49 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2324  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.61 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4060  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  27.41 
 
 		 256 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  29.02 
 
 		 264 aa  90.9  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  30.69 
 
 		 262 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 		 315 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1188  taurine ABC transporter, permease protein  30.1 
 
 		 250 aa  90.5  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0612406  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1796  sulfonate ABC transporter, permease protein, putative  32.47 
 
 		 285 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 		 293 aa  90.1  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.66 
 
 		 273 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>