More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1365 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1365  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 		 271 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.108142  normal  0.0447378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4239  ABC transporter, permease protein  82.29 
 
 		 271 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1342  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.53 
 
 		 271 aa  441  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.487002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3973  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  81.92 
 
 		 271 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.219679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.48 
 
 		 271 aa  373  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.8 
 
 		 271 aa  362  4e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2398  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.8 
 
 		 271 aa  348  5e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1123  ABC transporter, permease protein  63.2 
 
 		 271 aa  339  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.37 
 
 		 273 aa  323  3e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.140103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.63 
 
 		 274 aa  318  3.9999999999999996e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.605139  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.78 
 
 		 272 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.470988  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.78 
 
 		 270 aa  304  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.43 
 
 		 272 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.809849 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.93 
 
 		 272 aa  301  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0741  ABC transporter permease  59.26 
 
 		 273 aa  300  1e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.68 
 
 		 272 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.504609  normal  0.500913 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 		 272 aa  298  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0151255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.56 
 
 		 272 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2498  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  55.06 
 
 		 272 aa  285  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.476701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2731  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 		 272 aa  271  7e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.690729  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0611  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.79 
 
 		 271 aa  266  2.9999999999999995e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0926261  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.32 
 
 		 270 aa  255  6e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.71 
 
 		 283 aa  249  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.59 
 
 		 272 aa  243  3.9999999999999997e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5321  taurine ABC transporter, permease protein  39.49 
 
 		 285 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0254  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.11 
 
 		 279 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4564  taurine transporter subunit  34.98 
 
 		 279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.746145 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588836 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 		 275 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 		 279 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0570948  normal  0.0921514 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0231  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.33405  hitchhiker  0.000710194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1171  taurine ABC transporter permease  36.04 
 
 		 272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.104716  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2535  putative taurine ABC transporter, permease protein  34.93 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0840  taurine transporter subunit  38.46 
 
 		 275 aa  114  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0260  taurine transporter subunit  36.41 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0431  taurine transporter subunit  33.33 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3693  taurine transporter subunit  36.41 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0442  taurine transporter subunit  33.74 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3936  taurine transporter subunit  36.41 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0391  taurine transporter subunit  33.33 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12960  taurine ABC transporter permease  36.04 
 
 		 272 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.299757  normal  0.321121 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00317  taurine transporter subunit  32.93 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00321  hypothetical protein  32.93 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3261  taurine transporter subunit  32.93 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 		 279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0280  taurine transporter subunit  36.73 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0396  taurine transporter subunit  37.76 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4051  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.8 
 
 		 273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.306936 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.69 
 
 		 271 aa  108  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.66 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.39 
 
 		 273 aa  106  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.132759  normal  0.452833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 		 277 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.78 
 
 		 274 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.6 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0791  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 		 277 aa  102  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 		 286 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.973794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.349721  hitchhiker  0.00645779 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0802  taurine ABC transporter, permease protein  31.37 
 
 		 283 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207449  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1580  taurine ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.477521  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.35 
 
 		 291 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0620  permease component of taurine ABC transporter  30.24 
 
 		 253 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00192231  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1078  ABC transporter, nitrate-like  29.78 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.193306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0697  taurine ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2019  taurine ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 285 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.484134  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  30.24 
 
 		 283 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3299  putative sulfonate ABC transporter, permease protein  32.72 
 
 		 286 aa  100  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.201269  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 		 257 aa  99  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.33 
 
 		 259 aa  99  8e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.832577  normal  0.34867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 		 315 aa  99  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.09 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  30.09 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.106321 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.51 
 
 		 266 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1556  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.33 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.64 
 
 		 282 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.31 
 
 		 272 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  30.93 
 
 		 262 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 		 263 aa  97.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.65 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.37818 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 		 257 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.68 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  30.93 
 
 		 262 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  28.24 
 
 		 263 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.49 
 
 		 269 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 		 272 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0470724 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.06 
 
 		 269 aa  95.5  8e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.11 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.84 
 
 		 283 aa  95.5  8e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.894639  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.5 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.453695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>