24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2182 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2182  Pectate lyase  100 
 
 		 489 aa  935    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0866134  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2020  Pectate lyase  79.72 
 
 		 574 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742128  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1184  type III helper protein HrpW1  46.74 
 
 		 441 aa  203  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.211632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1373  type III helper protein HrpW1  50.67 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  0.00000104079  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  42.71 
 
 		 233 aa  148  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  40.21 
 
 		 460 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2308  hypothetical protein  43.43 
 
 		 511 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819182 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  43.71 
 
 		 427 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  37.86 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  42.44 
 
 		 266 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0897  hypothetical protein  36.32 
 
 		 361 aa  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  44.52 
 
 		 259 aa  117  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  40.76 
 
 		 430 aa  113  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2775  HARPIN-like protein  39.44 
 
 		 380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.396388 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  37.87 
 
 		 260 aa  99.4  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  40.3 
 
 		 430 aa  95.9  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  38.6 
 
 		 254 aa  92.8  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  41.04 
 
 		 445 aa  92.8  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  35.19 
 
 		 257 aa  90.1  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  37.34 
 
 		 264 aa  83.6  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  34.78 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2021  type III effector protein  40.72 
 
 		 338 aa  74.3  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0988  Pectate lyase  33.61 
 
 		 351 aa  47.4  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3322  Pectate lyase  33.61 
 
 		 347 aa  46.2  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>