20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0988 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3322  Pectate lyase  92.59 
 
 		 347 aa  668    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0988  Pectate lyase  100 
 
 		 351 aa  723    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1273  Pectate lyase  62.43 
 
 		 346 aa  444  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.130582  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0608  hypothetical protein  55.76 
 
 		 452 aa  352  4e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1703  hypothetical protein  60.17 
 
 		 392 aa  302  7.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.595343 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1313  Pectate lyase  36.57 
 
 		 430 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0268992  hitchhiker  0.00857009 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0329  Pectate lyase  40.93 
 
 		 445 aa  108  2e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0745769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2571  Pectate lyase  37.75 
 
 		 266 aa  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.18079  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2301  Pectate lyase  34.78 
 
 		 365 aa  103  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.452858  normal  0.747236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0819  pectate lyase  35.47 
 
 		 427 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.28547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2563  Pectate lyase  35.64 
 
 		 259 aa  94.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0171428  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4177  Pectate lyase  36.84 
 
 		 430 aa  92.4  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02542  pectate lyase (Eurofung)  32.91 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03337  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5B7Z3]  32.77 
 
 		 254 aa  77.8  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00353943  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08453  Pectate lyasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5ATC7]  38.41 
 
 		 260 aa  75.9  0.000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06748  pectate lyase (Eurofung)  38.51 
 
 		 257 aa  71.2  0.00000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000825304  normal  0.0251072 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06106  pectate lyase (Eurofung)  33.33 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.148982 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1854  Pectate lyase  38.06 
 
 		 460 aa  59.7  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0715  Pectate lyase  38.3 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.944836 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2182  Pectate lyase  33.91 
 
 		 489 aa  47.8  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0866134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>