More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4018 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4018  periplasmic binding protein  100 
 
 
310 aa  605  9.999999999999999e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.293424  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2749  periplasmic binding protein  37.41 
 
 
314 aa  170  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.947562  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5939  periplasmic binding protein  27.44 
 
 
330 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.587353  normal  0.774281 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17020  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.65 
 
 
346 aa  113  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.745589 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36350  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.38 
 
 
356 aa  104  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3935  periplasmic binding protein  26.95 
 
 
373 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.427342  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2175  periplasmic binding protein  30.69 
 
 
352 aa  100  4e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.038626  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1491  putative ABC transporter, periplasmic iron-siderophore binding protein  26.22 
 
 
347 aa  100  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00253008  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3735  periplasmic binding protein  28.08 
 
 
361 aa  100  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.55 
 
 
322 aa  99  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  30.89 
 
 
662 aa  99  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3694  periplasmic binding protein  29.11 
 
 
341 aa  99  9e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.792098  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.21 
 
 
322 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.86 
 
 
358 aa  97.4  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.311428  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2437  periplasmic binding protein  27.87 
 
 
351 aa  97.8  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.255476  normal  0.0637289 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.46 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.46 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0385  periplasmic binding protein  27.13 
 
 
365 aa  96.3  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.05 
 
 
321 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0683  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.69 
 
 
321 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0708  periplasmic binding protein  26.93 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  28.35 
 
 
322 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  26.07 
 
 
320 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  26.07 
 
 
320 aa  92.4  8e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  25.74 
 
 
320 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  25.74 
 
 
320 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  25.74 
 
 
320 aa  90.5  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  25.74 
 
 
320 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  26.16 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.3382899999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0670  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.16 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.07774e-37 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  26.16 
 
 
321 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0807  periplasmic binding protein  29.01 
 
 
343 aa  90.1  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1591  periplasmic binding protein  31.08 
 
 
334 aa  89.7  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0300116 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  25.5 
 
 
320 aa  89.4  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  25.99 
 
 
321 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2819  periplasmic binding protein  27.91 
 
 
349 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3470  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
356 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00150315  hitchhiker  0.00510017 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2592  periplasmic binding protein  31.62 
 
 
357 aa  88.2  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366339  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3759  periplasmic binding protein  31.41 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.445069  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0853  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.57 
 
 
349 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.899813  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0200  periplasmic binding protein  28.85 
 
 
322 aa  86.7  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07950  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  26.37 
 
 
349 aa  85.9  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0346758  normal  0.343375 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0807  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  28.44 
 
 
314 aa  85.9  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.426992  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2827  periplasmic binding protein  26.51 
 
 
332 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.420364  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0794  periplasmic binding protein  27.81 
 
 
314 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.352793  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3636  periplasmic binding protein  26.3 
 
 
325 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22710  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.04 
 
 
345 aa  83.6  0.000000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  24.67 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  26.3 
 
 
324 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0269  periplasmic binding protein  28.23 
 
 
338 aa  82.8  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.448293  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  25.34 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2670  periplasmic binding protein  31.52 
 
 
351 aa  82.4  0.000000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2930  periplasmic binding protein  27.81 
 
 
365 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  27.12 
 
 
324 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22070  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.03 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.162415 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3909  periplasmic binding protein  27.89 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  30.64 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4296  periplasmic binding protein  25.32 
 
 
346 aa  79.7  0.00000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  30.64 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0428  periplasmic binding protein  32.77 
 
 
342 aa  79.3  0.00000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0856962  normal  0.313337 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5337  periplasmic binding protein  32.18 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.992033  normal  0.734809 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2085  periplasmic binding protein  26.75 
 
 
354 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000968789  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0138  iron-siderophore ABC transporter, periplasmic binding protein  23.59 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0418  twin-arginine translocation pathway signal  28.57 
 
 
347 aa  78.6  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.71368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  25 
 
 
316 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3071  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  24.53 
 
 
350 aa  79  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10269  periplasmic iron-transport lipoprotein  34.18 
 
 
330 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.110209 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4037  periplasmic binding protein  27.36 
 
 
339 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3331  transport system permease protein  28.29 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.411353  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06470  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.36 
 
 
353 aa  77.4  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2540  periplasmic binding protein  24.08 
 
 
359 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.501058  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2441  ferric enterobactin ABC transporter, ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  24.08 
 
 
359 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3183  ferric enterobactin ABC transporter ferric enterobactin-binding periplasmic protein FepB  24.08 
 
 
359 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.197139 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2317  periplasmic binding protein  27.59 
 
 
345 aa  76.6  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0270  twin-arginine translocation pathway signal  27.5 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0280  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0971022 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0260  periplasmic binding protein  27.5 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.778386 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5065  periplasmic binding protein  30.22 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0375  periplasmic binding protein  28.92 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  32.26 
 
 
319 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2692  periplasmic binding protein  29.77 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154596  normal  0.0870735 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2422  periplasmic binding protein  29.15 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3416  ABC Fe+3-siderophore transporter, periplasmic binding protein  27.57 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3061  periplasmic binding protein  27.57 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.260153  normal  0.218558 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2580  periplasmic binding protein  28.8 
 
 
354 aa  73.9  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.540975  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0308  periplasmic binding protein  28.39 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  28.63 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26550  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.91 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.511837  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0419  periplasmic binding protein  26.67 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.182541  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  28.77 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3296  periplasmic binding protein  30.08 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1806  periplasmic binding protein  38.18 
 
 
358 aa  67.8  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.455628  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  27.03 
 
 
305 aa  66.6  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14740  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  35.27 
 
 
313 aa  67  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0833615  normal  0.600151 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19080  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  24.21 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.895091  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3522  periplasmic binding protein  25.35 
 
 
333 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2413  periplasmic binding protein  24.92 
 
 
351 aa  66.2  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.456703 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2699  periplasmic binding protein  28.83 
 
 
305 aa  65.9  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.885635  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  23.75 
 
 
319 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1523  periplasmic binding protein  30.15 
 
 
313 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>