270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5308 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009565  TBFG_12551  amino acid decarboxylase  43.5 
 
 		 947 aa  728    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0500695 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5308  Lysine decarboxylase  100 
 
 		 958 aa  1982    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1585  arginine decarboxylase  46.81 
 
 		 947 aa  781    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1040  arginine decarboxylase  32.96 
 
 		 524 aa  301  5e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  29.85 
 
 		 751 aa  225  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  29.43 
 
 		 751 aa  222  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  29.7 
 
 		 749 aa  221  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  30.23 
 
 		 757 aa  212  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 794 aa  212  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 794 aa  212  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  29.77 
 
 		 767 aa  212  3e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  27.32 
 
 		 766 aa  212  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  29.1 
 
 		 751 aa  210  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  27.67 
 
 		 769 aa  209  2e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  29.83 
 
 		 749 aa  206  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  27.5 
 
 		 762 aa  206  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  28.8 
 
 		 766 aa  205  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  29.07 
 
 		 747 aa  205  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  28.47 
 
 		 779 aa  204  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  29.13 
 
 		 754 aa  204  7e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  29.92 
 
 		 755 aa  204  8e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  28.48 
 
 		 759 aa  202  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0493181 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  29.27 
 
 		 755 aa  202  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000345453  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  29.25 
 
 		 756 aa  202  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  28.79 
 
 		 747 aa  202  3e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  29.64 
 
 		 746 aa  202  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  28.03 
 
 		 780 aa  202  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  28.34 
 
 		 757 aa  201  5e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  29.37 
 
 		 759 aa  198  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  29.09 
 
 		 759 aa  198  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  27.76 
 
 		 779 aa  196  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  27.62 
 
 		 779 aa  195  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  27.99 
 
 		 759 aa  195  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  27.94 
 
 		 761 aa  194  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  28.06 
 
 		 761 aa  194  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1009  lysine decarboxylase  26.41 
 
 		 626 aa  194  9e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.187258 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1590  Lysine decarboxylase  27.01 
 
 		 747 aa  193  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.334363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.87 
 
 		 759 aa  193  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  27.18 
 
 		 712 aa  192  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2860  lysine decarboxylase  25.75 
 
 		 768 aa  192  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.041352  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  25.88 
 
 		 768 aa  192  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5196  lysine decarboxylase  28.01 
 
 		 756 aa  192  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3767  lysine decarboxylase  27.97 
 
 		 713 aa  192  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00012661  normal  0.0717066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2964  lysine decarboxylase  27.6 
 
 		 871 aa  191  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  27.99 
 
 		 759 aa  191  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  25.75 
 
 		 768 aa  191  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  27.99 
 
 		 759 aa  191  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  27.84 
 
 		 759 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  27.84 
 
 		 759 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  27.84 
 
 		 759 aa  191  5.999999999999999e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  27.84 
 
 		 759 aa  191  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0197  lysine decarboxylase, constitutive  28.53 
 
 		 713 aa  190  9e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  27.72 
 
 		 759 aa  190  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1088  Lysine decarboxylase  27.55 
 
 		 753 aa  190  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00184  lysine decarboxylase 2, constitutive  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  27.52 
 
 		 760 aa  189  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0975891 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3417  Lysine decarboxylase  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00183  hypothetical protein  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0196  lysine decarboxylase, constitutive  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0188  lysine decarboxylase, constitutive  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.587964  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3474  lysine decarboxylase  28.53 
 
 		 713 aa  189  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.380811 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  26.53 
 
 		 742 aa  188  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2252  Lysine decarboxylase  27.4 
 
 		 789 aa  188  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2762  ornithine decarboxylase  27.4 
 
 		 789 aa  189  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0915  lysine decarboxylase  27.66 
 
 		 746 aa  188  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1059  ornithine decarboxylase  27.66 
 
 		 746 aa  188  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0724  L-lysine decarboxylase  28.34 
 
 		 712 aa  188  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3773  lysine decarboxylase  28.85 
 
 		 714 aa  187  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.231295  normal  0.03112 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0179  lysine decarboxylase, constitutive  27.52 
 
 		 713 aa  187  9e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3257  lysine decarboxylase  27.01 
 
 		 793 aa  186  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0190  lysine decarboxylase, constitutive  28.37 
 
 		 713 aa  186  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0272  lysine decarboxylase, constitutive  28.3 
 
 		 713 aa  185  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.549018  normal  0.511484 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  28.3 
 
 		 713 aa  185  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00205  lysine decarboxylase  26.8 
 
 		 724 aa  184  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002189  lysine decarboxylase  26.8 
 
 		 711 aa  184  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000318347  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0261  lysine decarboxylase, constitutive  27.88 
 
 		 713 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.658449  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1007  L-lysine decarboxylase  26.86 
 
 		 708 aa  184  7e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0720093  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  28.23 
 
 		 713 aa  184  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686506 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3498  lysine decarboxylase  27.66 
 
 		 772 aa  184  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0638037 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0275  lysine decarboxylase, constitutive  27.88 
 
 		 713 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1886  lysine decarboxylase  27.23 
 
 		 751 aa  183  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105456 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04002  lysine decarboxylase 1  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.82832  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3860  Lysine decarboxylase  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5647  lysine decarboxylase, constitutive  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03964  hypothetical protein  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850085  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3896  lysine decarboxylase  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4372  lysine decarboxylase, constitutive  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4600  lysine decarboxylase, constitutive  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.416329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1925  ornithine decarboxylase  27.75 
 
 		 753 aa  182  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4686  lysine decarboxylase homolog, constitutive  27.69 
 
 		 715 aa  182  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2760  lysine decarboxylase, constitutive  27.5 
 
 		 714 aa  181  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2801  lysine decarboxylase, constitutive  27.5 
 
 		 714 aa  181  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2822  lysine decarboxylase, constitutive  27.5 
 
 		 714 aa  181  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2718  lysine decarboxylase, constitutive  27.5 
 
 		 714 aa  181  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>