271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_12551 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1585  arginine decarboxylase  43.31 
 
 		 947 aa  686    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00962069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12551  amino acid decarboxylase  100 
 
 		 947 aa  1942    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0500695 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5308  Lysine decarboxylase  43.5 
 
 		 958 aa  719    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1040  arginine decarboxylase  33.55 
 
 		 524 aa  268  4e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  29.1 
 
 		 751 aa  210  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  29.67 
 
 		 762 aa  209  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1088  Lysine decarboxylase  28.86 
 
 		 753 aa  209  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1590  Lysine decarboxylase  27.47 
 
 		 747 aa  208  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.334363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  29.11 
 
 		 754 aa  206  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  28.41 
 
 		 751 aa  204  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  28.45 
 
 		 756 aa  204  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2964  lysine decarboxylase  28.43 
 
 		 871 aa  204  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1886  lysine decarboxylase  29.02 
 
 		 751 aa  202  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2762  ornithine decarboxylase  27.96 
 
 		 789 aa  201  5e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2252  Lysine decarboxylase  27.96 
 
 		 789 aa  201  7e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1009  lysine decarboxylase  27.44 
 
 		 626 aa  199  2.0000000000000003e-49  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.187258 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  28.01 
 
 		 742 aa  198  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  28.79 
 
 		 757 aa  199  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  29.4 
 
 		 751 aa  197  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  28.68 
 
 		 757 aa  197  8.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0915  lysine decarboxylase  28.55 
 
 		 746 aa  197  9e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1059  ornithine decarboxylase  28.55 
 
 		 746 aa  197  9e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  28.59 
 
 		 747 aa  197  9e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  28.13 
 
 		 759 aa  196  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0493181 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  28.69 
 
 		 749 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  27.79 
 
 		 759 aa  196  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2020  lysine decarboxylase  28.06 
 
 		 777 aa  196  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.605875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  29.41 
 
 		 746 aa  195  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3498  lysine decarboxylase  29.05 
 
 		 772 aa  195  3e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0638037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  28.41 
 
 		 747 aa  195  4e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  27.79 
 
 		 759 aa  195  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  29.16 
 
 		 759 aa  195  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  29.16 
 
 		 759 aa  195  4e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  29.16 
 
 		 759 aa  195  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  29.32 
 
 		 749 aa  194  6e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2126  lysine decarboxylase  28.25 
 
 		 762 aa  194  8e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  28.59 
 
 		 755 aa  193  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000345453  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2415  ornithine decarboxylase  28.21 
 
 		 764 aa  193  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.413293 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3257  lysine decarboxylase  27.64 
 
 		 793 aa  193  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  28.53 
 
 		 759 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  28.53 
 
 		 759 aa  192  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  28.53 
 
 		 759 aa  192  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  28.84 
 
 		 759 aa  191  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  28.98 
 
 		 761 aa  189  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  29.13 
 
 		 761 aa  190  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  26.74 
 
 		 767 aa  189  2e-46  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  27.83 
 
 		 755 aa  189  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  27.13 
 
 		 766 aa  187  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.53 
 
 		 759 aa  185  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  27.4 
 
 		 794 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  27.4 
 
 		 794 aa  185  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  28.86 
 
 		 760 aa  184  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0975891 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  28.68 
 
 		 759 aa  184  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2738  Lysine decarboxylase  27.56 
 
 		 767 aa  182  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  26.84 
 
 		 766 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1925  ornithine decarboxylase  28.5 
 
 		 753 aa  182  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506888 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6447  lysine decarboxylase  26.7 
 
 		 771 aa  180  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.295731 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  27.87 
 
 		 779 aa  179  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  25.55 
 
 		 769 aa  178  3e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5196  lysine decarboxylase  28.28 
 
 		 756 aa  175  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  27.5 
 
 		 712 aa  173  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  28.3 
 
 		 780 aa  171  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  27.99 
 
 		 779 aa  169  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1007  L-lysine decarboxylase  26.08 
 
 		 708 aa  168  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0720093  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  27.73 
 
 		 779 aa  168  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002189  lysine decarboxylase  28.82 
 
 		 711 aa  168  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000318347  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00205  lysine decarboxylase  28.82 
 
 		 724 aa  168  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  26.65 
 
 		 711 aa  167  9e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  26.41 
 
 		 717 aa  164  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03988  biodegradative arginine decarboxylase  26.51 
 
 		 756 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2860  lysine decarboxylase  26.52 
 
 		 768 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.041352  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03949  hypothetical protein  26.51 
 
 		 756 aa  162  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  26.68 
 
 		 768 aa  162  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  26.5 
 
 		 756 aa  162  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  26.52 
 
 		 768 aa  162  4e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  27.61 
 
 		 711 aa  161  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2658  lysine decarboxylase, inducible  27.2 
 
 		 733 aa  161  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4358  biodegradative arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  7e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.959174  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4671  biodegradative arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1815  Orn/Lys/Arg decarboxylase, major region  26.44 
 
 		 491 aa  160  7e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.747832  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3910  arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.143171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4583  biodegradative arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5631  biodegradative arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  9e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3875  Arginine decarboxylase  26.37 
 
 		 756 aa  160  9e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  27.45 
 
 		 711 aa  160  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  26.41 
 
 		 717 aa  160  1e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  27.45 
 
 		 711 aa  159  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.86478 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  25.65 
 
 		 720 aa  159  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  25.15 
 
 		 730 aa  159  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  25.65 
 
 		 720 aa  159  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  27.34 
 
 		 711 aa  158  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  27.4 
 
 		 711 aa  157  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  27.45 
 
 		 711 aa  158  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  27.4 
 
 		 711 aa  157  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>