More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3362 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3362  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 102 aa  204  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.936613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1007  histone family protein DNA-binding protein  88.24 
 
 		 102 aa  181  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6976  hypothetical protein  65.69 
 
 		 102 aa  135  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2955  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 113 aa  114  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 102 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 102 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 102 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 106 aa  94  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 103 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 93 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 106 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 96 aa  92  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 101 aa  92  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  47.92 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 97 aa  90.9  5e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  90.5  6e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 104 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 94 aa  90.5  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 101 aa  90.5  8e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 103 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 103 aa  89  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 103 aa  88.6  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 101 aa  89.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 94 aa  89.4  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 99 aa  88.2  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  47.25 
 
 		 93 aa  88.2  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 99 aa  88.2  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  88.2  4e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  88.2  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  88.2  4e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 95 aa  87.4  6e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 92 aa  87  7e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  44.79 
 
 		 100 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  43.16 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  42.86 
 
 		 95 aa  85.5  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  48.89 
 
 		 94 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  42.86 
 
 		 95 aa  85.9  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  46.15 
 
 		 92 aa  85.5  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  45.16 
 
 		 101 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  45.05 
 
 		 110 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 92 aa  82  0.000000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  38.46 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  38.46 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 94 aa  80.1  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0397  histone family protein DNA-binding protein  38.04 
 
 		 91 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.146494 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1783  histone family protein DNA-binding protein  41.3 
 
 		 91 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.464491 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  38.46 
 
 		 94 aa  79.7  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6375  histone family protein DNA-binding protein  44.68 
 
 		 108 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  34.07 
 
 		 93 aa  78.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  35.16 
 
 		 95 aa  79  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 98 aa  79  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6405  histone family protein DNA-binding protein  44.68 
 
 		 108 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  37.5 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0996  histone family protein DNA-binding protein  36.26 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3254  histone family protein DNA-binding protein  36.26 
 
 		 93 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00043696  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  43.96 
 
 		 113 aa  77  0.00000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  42.86 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  36.26 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  39.53 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  39.53 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  40.62 
 
 		 135 aa  75.9  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4105  nucleoid protein Hbs  41.76 
 
 		 110 aa  75.5  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3213  histone-like DNA-binding protein  40.22 
 
 		 91 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  36.46 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5215  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 134 aa  74.3  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243034  normal  0.450992 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3240  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 168 aa  73.9  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.935864 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  37.17 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1351  histone family protein DNA-binding protein  34.07 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0471037  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  40.66 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  40.66 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 138 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  36.27 
 
 		 107 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0074  DNA-binding protein HU  43.02 
 
 		 90 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.00000000000481156  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2142  histone family protein DNA-binding protein  36.05 
 
 		 91 aa  72  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0158969  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  39.56 
 
 		 94 aa  72.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  37.36 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1941  histone family protein DNA-binding protein  37.36 
 
 		 91 aa  72  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2563  histone-like DNA-binding protein  43.33 
 
 		 126 aa  71.6  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.160302 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  35.29 
 
 		 107 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  35.16 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002182  DNA-binding protein HU-alpha  41.76 
 
 		 90 aa  71.6  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.131368  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_66  DNA-binding protein HU-alpha  38.04 
 
 		 91 aa  70.9  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0113448  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  38.46 
 
 		 90 aa  71.2  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  35.16 
 
 		 100 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>