More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2955 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2955  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 113 aa  224  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3362  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 102 aa  114  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.936613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1007  histone family protein DNA-binding protein  67.03 
 
 		 102 aa  114  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010373  M446_6976  hypothetical protein  61.54 
 
 		 102 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  44.12 
 
 		 102 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  45.1 
 
 		 102 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  45.1 
 
 		 102 aa  80.1  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  46.24 
 
 		 93 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  46.24 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  45.16 
 
 		 93 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 94 aa  77.4  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 101 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 101 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 101 aa  77.8  0.00000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  44.9 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 106 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  46.46 
 
 		 103 aa  77  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 101 aa  77  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  42.55 
 
 		 94 aa  76.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  44.68 
 
 		 96 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  45.16 
 
 		 95 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  42.57 
 
 		 100 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  43.96 
 
 		 93 aa  75.5  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 106 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 101 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  39.62 
 
 		 114 aa  74.7  0.0000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  42.39 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  45.05 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  44.57 
 
 		 97 aa  74.7  0.0000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  43.01 
 
 		 94 aa  74.7  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  45.16 
 
 		 94 aa  73.9  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  38.1 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  38.1 
 
 		 101 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  41.76 
 
 		 95 aa  73.9  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  45.05 
 
 		 92 aa  73.6  0.0000000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  41.3 
 
 		 102 aa  73.6  0.0000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  41.76 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  39.36 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  38.04 
 
 		 98 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1307  histone family protein DNA-binding protein  39.62 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.226884  hitchhiker  0.000000648768 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  40.22 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  41.94 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 92 aa  72.4  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  43.96 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  43.96 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  34.41 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6375  histone family protein DNA-binding protein  44.23 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6405  histone family protein DNA-binding protein  44.23 
 
 		 108 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 98 aa  71.2  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  40.21 
 
 		 95 aa  70.1  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  41.49 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  40.66 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  41.49 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  37.62 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  40.66 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  37.36 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  40.66 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  41.49 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  41.49 
 
 		 94 aa  69.7  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  38.46 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  40.66 
 
 		 100 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 103 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  35.16 
 
 		 96 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  40.66 
 
 		 137 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  39.56 
 
 		 99 aa  68.2  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  36.17 
 
 		 103 aa  68.2  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  45.68 
 
 		 104 aa  67.8  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  35.11 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  34.65 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  46.91 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  67  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 112 aa  67  0.00000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1596  integration host factor subunit beta  35.56 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.878202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  35.11 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  44.44 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  32.61 
 
 		 93 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0928  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.950077 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  37.89 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  35.45 
 
 		 107 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1783  histone family protein DNA-binding protein  40.66 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.464491 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3213  histone-like DNA-binding protein  40.66 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>