More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2409 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 92 aa  184  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  71.43 
 
 		 92 aa  134  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  68.48 
 
 		 93 aa  133  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5215  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 134 aa  120  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243034  normal  0.450992 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 93 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 93 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 93 aa  118  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 95 aa  118  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  63.74 
 
 		 97 aa  118  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  59.34 
 
 		 95 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 		 94 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 		 94 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 		 94 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 95 aa  117  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  59.34 
 
 		 95 aa  116  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  63.74 
 
 		 110 aa  116  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  61.54 
 
 		 94 aa  116  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  62.64 
 
 		 96 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 101 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 101 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 94 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  60.44 
 
 		 100 aa  114  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 103 aa  113  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 103 aa  113  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 101 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 101 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 101 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 104 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 101 aa  113  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  59.34 
 
 		 92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  57.14 
 
 		 113 aa  111  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 103 aa  110  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  58.24 
 
 		 94 aa  110  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 102 aa  110  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 102 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 102 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 106 aa  108  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 106 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  58.24 
 
 		 103 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  57.14 
 
 		 98 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 94 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  51.09 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 98 aa  101  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 102 aa  100  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 114 aa  100  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 98 aa  99.4  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 108 aa  100  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 95 aa  99  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  47.83 
 
 		 95 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  48.35 
 
 		 96 aa  98.6  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  47.83 
 
 		 93 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000932268  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 113 aa  98.2  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  47.83 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 92 aa  98.2  4e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000278051  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  47.83 
 
 		 102 aa  97.8  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  97.4  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  48.91 
 
 		 95 aa  96.7  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2222  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 93 aa  96.3  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000109165  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  47.83 
 
 		 100 aa  96.3  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 		 93 aa  95.1  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  47.25 
 
 		 96 aa  94.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1307  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 114 aa  94.7  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.226884  hitchhiker  0.000000648768 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 91 aa  94  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 92 aa  93.6  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 101 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 101 aa  93.6  9e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2004  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.143906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1736  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 94 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.060047  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 100 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 95 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2579  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 94 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000135913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1431  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0064808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1956  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 94 aa  92  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000034151  normal  0.296627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 94 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116436  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2667  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 94 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00090839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00916  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.335745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2731  integration host factor, beta subunit  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00160452  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2684  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.193078  normal  0.358809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  46.15 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00923  hypothetical protein  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.294308  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2416  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000431379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1095  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.939272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1710  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000353276  normal  0.984922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2208  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000105854  normal  0.266842 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1018  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000522422  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1009  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000570398  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 98 aa  92  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1015  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613855  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1080  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0899853 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1047  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.788464 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1073  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0988  integration host factor subunit beta  45.65 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.165109  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  48.35 
 
 		 94 aa  90.5  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>