More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5215 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5215  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 134 aa  266  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243034  normal  0.450992 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  65.56 
 
 		 92 aa  127  4.0000000000000003e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  64.44 
 
 		 92 aa  121  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  57.61 
 
 		 93 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  54.44 
 
 		 95 aa  101  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 95 aa  100  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 		 93 aa  98.2  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 		 93 aa  98.2  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 95 aa  97.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 93 aa  98.2  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  47.66 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  52.22 
 
 		 101 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  52.22 
 
 		 101 aa  95.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  47.17 
 
 		 106 aa  94  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  50 
 
 		 100 aa  94  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  48.51 
 
 		 103 aa  94  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  48.54 
 
 		 106 aa  93.6  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  46.32 
 
 		 98 aa  93.2  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  48.89 
 
 		 95 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6375  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 108 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 101 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6405  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 108 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 103 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  51.11 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  47.17 
 
 		 101 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  50 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  50 
 
 		 97 aa  90.9  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 94 aa  90.5  7e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  52.22 
 
 		 110 aa  90.1  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  46.88 
 
 		 103 aa  90.1  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  47.31 
 
 		 101 aa  90.1  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  47.92 
 
 		 102 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  48.89 
 
 		 96 aa  89.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  48.89 
 
 		 103 aa  90.1  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  48.89 
 
 		 99 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  48.89 
 
 		 99 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  44.44 
 
 		 96 aa  89.4  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 94 aa  88.6  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  48.89 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 94 aa  88.6  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  37.76 
 
 		 108 aa  89  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  47.92 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 94 aa  88.6  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  47.92 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2245  putative integration host factor beta-subunit (ihf-beta) protein  45.71 
 
 		 111 aa  88.6  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 95 aa  88.2  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  46.67 
 
 		 92 aa  87.8  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  45.74 
 
 		 94 aa  87.4  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  48.86 
 
 		 113 aa  87  8e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 114 aa  86.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 98 aa  85.5  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  50 
 
 		 113 aa  85.9  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  46.67 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  46.67 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  44.44 
 
 		 98 aa  85.1  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2074  integration host factor subunit beta  43.48 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000549511  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0429  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 92 aa  84.3  4e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00929572  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  43.62 
 
 		 98 aa  84  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  43.33 
 
 		 102 aa  83.6  8e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1890  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 90 aa  82.8  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.469333  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  48.86 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2470  integration host factor, beta subunit  48.86 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.391555  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  45.87 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  43.33 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  48.31 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2297  integration host factor subunit beta  41.05 
 
 		 95 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000102507  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  43.33 
 
 		 101 aa  82.8  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2797  integration host factor, beta subunit  42.72 
 
 		 104 aa  83.2  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  hitchhiker  0.000129709 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0965  integration host factor, beta subunit  48.86 
 
 		 112 aa  83.2  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  46.67 
 
 		 92 aa  82.8  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000278051  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  43.48 
 
 		 95 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122677  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  46 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1955  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  82  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000468135  unclonable  0.00000320833 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  46 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2122  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000593472  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  46 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  46 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 107 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  45 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2222  integration host factor subunit beta  43.33 
 
 		 93 aa  82  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000109165  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  44.44 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1613  integration host factor, beta subunit  44.33 
 
 		 104 aa  81.6  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  45 
 
 		 107 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1754  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  82  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014676  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  44.44 
 
 		 93 aa  81.6  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000932268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2041  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000705182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2312  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000159711  hitchhiker  0.000000300932 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2278  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000837765  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  40.86 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2071  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000034854  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2067  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000478736  unclonable  0.0000000000012991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2395  integration host factor subunit beta  42.39 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000343473  unclonable  0.00000762549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>