More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3444 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3444  histidine kinase  100 
 
 		 464 aa  923    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.032757 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3149  sensor histidine kinase  48.43 
 
 		 440 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.28591  hitchhiker  0.000661771 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4962  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 		 448 aa  193  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.480861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3975  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.242416  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0904  sensor histidine kinase  34.67 
 
 		 454 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.616336  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3283  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 		 456 aa  180  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0188318 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5169  sensor histidine kinase  32.07 
 
 		 451 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2734  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 426 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0785  sensor histidine kinase  33.83 
 
 		 453 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.190623  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1623  sensor histidine kinase  33.83 
 
 		 453 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0767878  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0670  sensor histidine kinase  33.83 
 
 		 453 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.539179  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0558  sensor histidine kinase  33.83 
 
 		 453 aa  173  5e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2073  sensor histidine kinase  33.58 
 
 		 453 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0489  sensor histidine kinase  33.58 
 
 		 722 aa  171  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.620999  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0228  sensor histidine kinase  30.8 
 
 		 446 aa  170  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0209  sensor histidine kinase  30.8 
 
 		 446 aa  170  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1976  sensor histidine kinase  33.58 
 
 		 453 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6258  two component sensor kinase  29.67 
 
 		 440 aa  169  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0553015  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3095  histidine kinase  32.65 
 
 		 457 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3286  histidine kinase  33.56 
 
 		 450 aa  168  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00148382  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 449 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.21 
 
 		 461 aa  167  5e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3398  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.17 
 
 		 451 aa  163  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 450 aa  160  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4875  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 		 461 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.699508  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 		 458 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1952  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 		 451 aa  156  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.536058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1601  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 		 456 aa  156  7e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.698259 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5393  two-component signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 450 aa  156  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2816  sensor histidine kinase  31.68 
 
 		 449 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1753  histidine kinase  34.09 
 
 		 451 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  28.84 
 
 		 452 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3814  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.84 
 
 		 438 aa  151  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.823775  normal  0.178217 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 		 448 aa  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.953793  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2664  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 445 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 		 450 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 		 462 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.89546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2537  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 445 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3086  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 		 438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 433 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  31.47 
 
 		 454 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0125  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.66 
 
 		 438 aa  143  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0421257 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0674  sensor histidine kinase  32.68 
 
 		 438 aa  143  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0137  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.62 
 
 		 438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0671  sensor protein QseC  27.79 
 
 		 449 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0679985 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02898  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with QseB  27.79 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0674  histidine kinase  27.79 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02848  hypothetical protein  27.79 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.684564  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3431  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 		 450 aa  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.039017  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3204  sensor protein QseC  27.79 
 
 		 449 aa  141  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 439 aa  140  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4064  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.03 
 
 		 443 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  30.77 
 
 		 471 aa  139  7.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0309  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0052  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0604  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0846  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2438  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1010  sensor kinase protein  31.8 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1144  histidine kinase  31.98 
 
 		 475 aa  139  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.931606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0851  sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 438 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3491  sensor protein QseC  27.11 
 
 		 449 aa  139  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  30.21 
 
 		 471 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  29.9 
 
 		 439 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3460  sensor protein QseC  27.33 
 
 		 449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.44 
 
 		 444 aa  137  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4335  sensor protein QseC  27.11 
 
 		 449 aa  137  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3315  sensor protein QseC  27.11 
 
 		 449 aa  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0769555 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 		 450 aa  136  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.483241  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2385  histidine kinase  30.44 
 
 		 442 aa  136  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247211  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2646  histidine kinase  31.57 
 
 		 448 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4905  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.02 
 
 		 445 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.57 
 
 		 448 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2617  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.57 
 
 		 448 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3106  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.48 
 
 		 450 aa  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.119049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1464  histidine kinase  30.51 
 
 		 469 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.173941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  28.88 
 
 		 519 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5948  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 448 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5865  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 		 462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1938  sensor histidine kinase  31.37 
 
 		 441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2155  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 		 449 aa  133  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 444 aa  133  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 		 446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1626  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 		 478 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 438 aa  131  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6028  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 		 450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0315018 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 		 441 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0024043  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1286  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.7 
 
 		 441 aa  128  3e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0460995  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3403  two-component sensor kinase transcription regulator protein  31.25 
 
 		 446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3012  histidine kinase  31.12 
 
 		 475 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3430  sensor protein QseC  28.6 
 
 		 448 aa  126  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3005  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 443 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0366284 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4040  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 443 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45469 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4977  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 443 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.870976  normal  0.849775 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4358  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.83 
 
 		 446 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.66153  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02109  transmembrane two-component sensor kinase transcription regulator protein  31.18 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.620741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1598  histidine kinase  29.54 
 
 		 487 aa  124  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  30.83 
 
 		 457 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2065  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase, QseC  31.75 
 
 		 467 aa  124  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3681  hypothetical protein  30.47 
 
 		 455 aa  123  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.740643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>