More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3012 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3012  histidine kinase  100 
 
 		 475 aa  922    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  58.31 
 
 		 450 aa  477  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  54.27 
 
 		 449 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.47 
 
 		 458 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.67 
 
 		 450 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6227  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.18 
 
 		 462 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.89546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5865  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.18 
 
 		 462 aa  363  4e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  43.76 
 
 		 519 aa  338  9e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2816  sensor histidine kinase  39.82 
 
 		 449 aa  268  2e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  35.22 
 
 		 471 aa  230  4e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  34.96 
 
 		 471 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.85 
 
 		 453 aa  219  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3681  hypothetical protein  37.31 
 
 		 455 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.740643 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3431  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 		 450 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.039017  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 		 450 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.483241  normal  0.593918 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02898  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with QseB  34.14 
 
 		 449 aa  213  7e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.760394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0674  histidine kinase  34.14 
 
 		 449 aa  213  7e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02848  hypothetical protein  34.14 
 
 		 449 aa  213  7e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.684564  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3204  sensor protein QseC  34.14 
 
 		 449 aa  213  7e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0671  sensor protein QseC  33.92 
 
 		 449 aa  211  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0679985 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3491  sensor protein QseC  34.14 
 
 		 449 aa  211  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3315  sensor protein QseC  33.92 
 
 		 449 aa  210  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0769555 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1313  sensor protein  35.54 
 
 		 478 aa  210  5e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000254318  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1373  sensor protein qseC  35.54 
 
 		 478 aa  210  5e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622972  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3460  sensor protein QseC  33.92 
 
 		 449 aa  209  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4335  sensor protein QseC  33.92 
 
 		 449 aa  209  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  33.62 
 
 		 457 aa  209  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3512  sensor histidine kinase  34.32 
 
 		 457 aa  206  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0135  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  37.45 
 
 		 455 aa  205  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0665221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4875  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 		 461 aa  204  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.699508  normal  0.275506 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 446 aa  203  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2385  histidine kinase  33.41 
 
 		 442 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247211  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18640  sensory histidine protein kinase,two-component  36.1 
 
 		 472 aa  199  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 480 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4531  sensor protein QseC  34.83 
 
 		 449 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0682388  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4241  sensor protein QseC  33.33 
 
 		 449 aa  197  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2327  histidine kinase  30.3 
 
 		 467 aa  197  5.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.205174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3430  sensor protein QseC  35.12 
 
 		 448 aa  196  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  31.99 
 
 		 455 aa  196  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3018  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 		 454 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0470  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 433 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0405734 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5362  histidine kinase  37.34 
 
 		 455 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0042038  normal  0.08787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 444 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.72241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4925  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 455 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000806381  normal  0.0598737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 455 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000282703  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2065  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase, QseC  32.63 
 
 		 467 aa  189  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.278967 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0674  sensor histidine kinase  32.75 
 
 		 438 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.37 
 
 		 456 aa  189  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000509903  normal  0.82327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0767  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.68 
 
 		 461 aa  188  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000842214  hitchhiker  0.00217616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 531 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  35.15 
 
 		 454 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1229  sensor histidine kinase  29.04 
 
 		 477 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.131746 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0125  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 438 aa  187  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0421257 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0643  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 		 413 aa  187  5e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4830  two-component regulatory system sensory histidine kinase  34.22 
 
 		 457 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00276208  normal  0.0320947 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4905  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.25 
 
 		 445 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.121062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4874  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 458 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000686699  hitchhiker  0.00000000293708 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1941  histidine kinase  35.48 
 
 		 514 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 454 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.92 
 
 		 454 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4357  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 458 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000114485  unclonable  0.00000640449 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0453  histidine kinase  35.49 
 
 		 526 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 		 467 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0052  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0604  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0309  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3363  sensor protein QseC  34.55 
 
 		 449 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.987162 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0846  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2438  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1010  sensor kinase protein  32.53 
 
 		 438 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0851  sensor histidine kinase  32.53 
 
 		 438 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3359  sensor protein QseC  34.33 
 
 		 449 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.28 
 
 		 475 aa  182  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1338  sensor histidine kinase  33.33 
 
 		 452 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.117372  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  35.33 
 
 		 452 aa  181  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3529  sensor protein QseC  34.33 
 
 		 449 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0549  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  34.43 
 
 		 513 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3428  sensor protein QseC  34.12 
 
 		 449 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.561258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3434  sensor protein QseC  34.12 
 
 		 449 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0464  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 		 524 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0137  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 		 438 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 466 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  32.65 
 
 		 454 aa  177  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 438 aa  176  6e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2537  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 		 445 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2664  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 445 aa  176  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5522  Signal transduction histidine kinase  28.37 
 
 		 460 aa  176  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2082  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 		 464 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0367152  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0669  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  35.28 
 
 		 515 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0140  sensor histidine kinase  28.18 
 
 		 471 aa  175  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4242  ATP-binding region, ATPase-like  33.18 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 448 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.953793  normal  0.661096 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  33.41 
 
 		 439 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4178  sensor protein QseC  35.32 
 
 		 449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1422  histidine kinase  31.97 
 
 		 499 aa  174  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0306642  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0525  sensor histidine kinase  36.18 
 
 		 517 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.265453  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4358  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 		 446 aa  173  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.66153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0430  sensor histidine kinase  34.56 
 
 		 501 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00032493 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5981  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 		 515 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0679423 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6232  histidine kinase  33.91 
 
 		 459 aa  171  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>