30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1143 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1143  efflux ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 456 aa  922    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1014  lipoprotein release ABC transporter permease  54.57 
 
 		 398 aa  442  1e-123  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0615  transmembrane protein Vexp3  32.89 
 
 		 458 aa  264  3e-69  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2078  transmembrane protein Vexp3  31.79 
 
 		 458 aa  241  1e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0226824  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2080  transmembrane protein Vexp1  25.69 
 
 		 425 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0613  transmembrane protein Vexp1  25.6 
 
 		 425 aa  129  8.000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0682  permease, putative  23.03 
 
 		 409 aa  102  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1142  efflux ABC transporter, permease protein  22.77 
 
 		 439 aa  95.5  2e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1013  lipoprotein release ABC transporter permease  23.11 
 
 		 406 aa  92.8  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0798  hypothetical protein  21.05 
 
 		 470 aa  89.4  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0940  ABC transporter permease  26.69 
 
 		 505 aa  82  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2758  permease, putative  22.6 
 
 		 475 aa  77.4  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.213868  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2558  ABC transporter, permease protein  23.35 
 
 		 474 aa  77  0.0000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308598 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5456  hypothetical protein  22.11 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2419  hypothetical protein  22.52 
 
 		 478 aa  70.1  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00766837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1978  hypothetical protein  22.32 
 
 		 451 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00718973  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0619  peptide ABC transporter permease  26.03 
 
 		 491 aa  61.2  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0438  peptide ABC transporter permease  23.25 
 
 		 485 aa  60.5  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2096  hypothetical protein  24.02 
 
 		 464 aa  54.3  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003048  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  21.64 
 
 		 400 aa  50.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0527  ABC transport permease protein  23.62 
 
 		 414 aa  49.7  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0117375  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02836  hypothetical protein  23.56 
 
 		 414 aa  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1558  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  25.08 
 
 		 468 aa  46.6  0.0008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.457306  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10590  ABC-type antimicrobial peptide transport system, permease component  24.69 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3628  lipoprotein ABC transporter, permease  24.71 
 
 		 407 aa  45.1  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0193  hypothetical protein  34.44 
 
 		 413 aa  44.3  0.004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00183424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1834  ABC transporter related  32.88 
 
 		 696 aa  43.9  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000402561  unclonable  0.00000000113397 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0049  hypothetical protein  21.96 
 
 		 397 aa  43.9  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0918  ABC transporter, ATP-binding protein  34.15 
 
 		 643 aa  43.5  0.007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0857  protein of unknown function DUF214  23.19 
 
 		 459 aa  43.5  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.20592  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>