85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3732 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3732  acylneuraminate cytidylyltransferase  100 
 
 		 250 aa  521  1e-147  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0583  acylneuraminate cytidylyltransferase  33.2 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0201  hypothetical protein  33.33 
 
 		 267 aa  119  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0093  hypothetical protein  35.54 
 
 		 244 aa  119  7e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.049709  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3211  acylneuraminate cytidylyltransferase  34.39 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0413  acylneuraminate cytidylyltransferase  34.55 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.613322  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0135  acylneuraminate cytidylyltransferase  29.39 
 
 		 252 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.0000000000000052261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1198  acylneuraminate cytidylyltransferase  35.83 
 
 		 244 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0063  acylneuraminate cytidylyltransferase  32.39 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3727  acylneuraminate cytidylyltransferase  31.84 
 
 		 234 aa  108  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0677  acylneuraminate cytidylyltransferase  29.6 
 
 		 264 aa  105  7e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.748582  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2891  acylneuraminate cytidylyltransferase  31.9 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.022912 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0616  acylneuraminate cytidylyltransferase  28.86 
 
 		 611 aa  101  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0678473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1966  acylneuraminate cytidylyltransferase  32.34 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.333673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0454  acylneuraminate cytidylyltransferase  28.12 
 
 		 593 aa  99.4  4e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2634  acylneuraminate cytidylyltransferase  33.17 
 
 		 227 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1973  acylneuraminate cytidylyltransferase  31.42 
 
 		 242 aa  99  6e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1771  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.34 
 
 		 243 aa  97.8  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.360914  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1328  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.65 
 
 		 245 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1245  aminotransferase  26.1 
 
 		 675 aa  95.9  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0776  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.05 
 
 		 212 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.885113 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2230  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.51 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1893  acylneuraminate cytidylyltransferase  31.1 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0340  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.56 
 
 		 288 aa  86.7  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.170558 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0366  acylneuraminate cytidylyltransferase  30.33 
 
 		 453 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592907  normal  0.873597 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0248  acylneuraminate cytidylyltransferase  30 
 
 		 224 aa  84  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3112  acylneuraminate cytidylyltransferase  27.71 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2209  acylneuraminate cytidylyltransferase  27.72 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.441808  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1137  polysaccharide biosynthesis protein, CMP-KDO synthetase-like  26.67 
 
 		 242 aa  77.4  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16990  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  26.32 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0645  acylneuraminate cytidylyltransferase  31.68 
 
 		 241 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.509134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3679  spore coat polysaccharide biosynthesis protein FlmC  37.84 
 
 		 282 aa  69.7  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0092  glutamate-1-semialdehyde aminotransferase-like  24.64 
 
 		 682 aa  69.7  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4298  acylneuraminate cytidylyltransferase  27.24 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1201  acylneuraminate cytidylyltransferase  29.83 
 
 		 241 aa  66.2  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603895  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01580  spore coat polysaccharide biosynthesis protein F, CMP-KDO synthetase  31.62 
 
 		 246 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0275127 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0421  spore coat polysaccharide biosynthesis protein FlmC  25.51 
 
 		 611 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1721  spore coat polysaccharide biosynthesis protein SpsF, putative  23.7 
 
 		 324 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128501  hitchhiker  0.000000384945 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0368  radical SAM domain-containing protein  27.98 
 
 		 574 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2965  acylneuraminate cytidylyltransferase  26.61 
 
 		 568 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1639  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  32.77 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0973125  normal  0.206004 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0437  spore coat polysaccharide biosynthesis protein F CMP-KDO synthetase-like protein  31.5 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.103618 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1399  acylneuraminate cytidylyltransferase  25.81 
 
 		 568 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0430  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  33.59 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2366  acylneuraminate cytidylyltransferase  33.33 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0289371  hitchhiker  0.00290087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1985  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  25.11 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00836989  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1917  cytidyltransferase-like protein  26.15 
 
 		 876 aa  53.9  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00878839  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0149  acylneuraminate cytidylyltransferase  21.69 
 
 		 247 aa  53.5  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000175858 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2134  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.7 
 
 		 245 aa  52.4  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000481379  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3269  cytidyltransferase-like protein  24.37 
 
 		 574 aa  52.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1759  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  28.95 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183972  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14261  hypothetical protein  29.56 
 
 		 240 aa  50.1  0.00003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2800  3-deoxy-D-manno- octulosonatecytidylyltransferase  31.75 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1851  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  28.95 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000189407  hitchhiker  0.000000640943 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2478  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  28.95 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2127  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  28.95 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0160817  unclonable  0.0000196701 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1906  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  28.95 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007413  unclonable  0.0000000000750145 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1984  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.03 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000339206  hitchhiker  0.0000000000873335 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2375  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.03 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000365007  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2478  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.03 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000979524  decreased coverage  0.0000842589 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2363  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.03 
 
 		 245 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00114498  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2424  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  29.82 
 
 		 245 aa  49.7  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000116864 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1856  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  23.79 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000400119  unclonable  0.00000223856 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2182  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  29.82 
 
 		 245 aa  48.5  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000335618  normal  0.0211703 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2127  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.58 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0807949  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3222  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  25.48 
 
 		 246 aa  47  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5734  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  46.55 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2047  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  38.03 
 
 		 256 aa  46.6  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1275  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  29.82 
 
 		 254 aa  45.8  0.0007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000078391 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18930  3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.25 
 
 		 241 aa  45.8  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1896  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.45 
 
 		 254 aa  45.4  0.0009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01859  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  25.13 
 
 		 248 aa  44.7  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0631175  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0454  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.51 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.8605  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0267  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  37.07 
 
 		 252 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.848803 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1946  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  29.91 
 
 		 250 aa  43.5  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388198  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0010  3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.43 
 
 		 250 aa  43.5  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.460305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1599  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.67 
 
 		 251 aa  43.5  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0169  3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase  31.9 
 
 		 249 aa  43.1  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.719542 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02817  KpsU protein  24.84 
 
 		 246 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000715728  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02767  hypothetical protein  24.84 
 
 		 246 aa  42.7  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000588459  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3687  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  37.68 
 
 		 257 aa  42.7  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2845  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  38.33 
 
 		 250 aa  42.4  0.008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.892224 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4306  3-deoxy-D-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.66 
 
 		 242 aa  42  0.008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2614  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  30.83 
 
 		 252 aa  42  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2141  3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase  29.66 
 
 		 248 aa  42  0.01  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>