More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2060 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2060  pmbA protein, putative  100 
 
 		 446 aa  896    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0947  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  74.5 
 
 		 445 aa  670    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.250758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1709  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  65.92 
 
 		 445 aa  567  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0311479  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1775  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.38 
 
 		 446 aa  482  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000351423 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2442  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.16 
 
 		 446 aa  479  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1002  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  44.93 
 
 		 447 aa  350  3e-95  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1541  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  42.07 
 
 		 450 aa  345  1e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0734056 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0661  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  42.45 
 
 		 445 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1049  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  40.19 
 
 		 457 aa  335  9e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000445588  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2696  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.67 
 
 		 462 aa  312  9e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.781892  normal  0.389793 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1482  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.92 
 
 		 442 aa  292  8e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528913  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0543  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  34.75 
 
 		 446 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0776  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.73 
 
 		 437 aa  226  7e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.58521  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0324  TldD/PmbA family protein  29.66 
 
 		 449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1030  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.07 
 
 		 442 aa  216  5.9999999999999996e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4760  microcin-processing peptidase 1  35 
 
 		 460 aa  216  5.9999999999999996e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447651  normal  0.0115347 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0326  TldD/PmbA family protein  29.44 
 
 		 449 aa  210  4e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0413  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  34.62 
 
 		 450 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.207758  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0057  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.31 
 
 		 435 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2382  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  34.56 
 
 		 438 aa  196  8.000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3530  PmbA/TldD family protein  31.47 
 
 		 436 aa  195  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.314475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0200  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.44 
 
 		 435 aa  192  9e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.06513  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0882  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.84 
 
 		 436 aa  191  2e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0202  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.11 
 
 		 435 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0734503  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1519  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.84 
 
 		 460 aa  186  8e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000701587 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2721  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  32.4 
 
 		 460 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1210  TldD/PmbA family protein  28.18 
 
 		 440 aa  179  1e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06836  peptidase  29.33 
 
 		 447 aa  178  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1709  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.84 
 
 		 441 aa  177  3e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000861  predicted Zn-dependent protease  28.89 
 
 		 447 aa  177  4e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000133704  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3701  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.52 
 
 		 460 aa  172  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0755  microcin-processing peptidase 1  27.71 
 
 		 440 aa  172  1e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0071  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.83 
 
 		 447 aa  169  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.208063  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12740  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  29.55 
 
 		 448 aa  169  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0575  microcin-processing peptidase 1  31.91 
 
 		 452 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0278  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  32.03 
 
 		 430 aa  167  4e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.026735  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0390  microcin-processing peptidase 1  26.81 
 
 		 444 aa  167  5e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.248859  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0949  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.02 
 
 		 448 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.438811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  30.53 
 
 		 434 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0352  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.85 
 
 		 452 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.678191  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  30.13 
 
 		 452 aa  163  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1001  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.72 
 
 		 497 aa  162  8.000000000000001e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0982  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.57 
 
 		 448 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0942  pmbA protein  28.57 
 
 		 452 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  27.65 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0847  microcin-processing peptidase 1  29.02 
 
 		 448 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.273419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 450 aa  161  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  27.65 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  27.65 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  27.65 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  27.44 
 
 		 450 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.65 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  27.44 
 
 		 450 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4463  pmbA protein  30.02 
 
 		 448 aa  160  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0853906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  27.59 
 
 		 450 aa  159  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1735  hypothetical protein  29.09 
 
 		 452 aa  159  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1014  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.63 
 
 		 438 aa  159  1e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00863088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4273  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.44 
 
 		 448 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.296435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 446 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1493  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.22 
 
 		 420 aa  158  2e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  27.88 
 
 		 446 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0650  pmbA protein  26 
 
 		 448 aa  158  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.501682  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  27.19 
 
 		 450 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1165  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.46 
 
 		 444 aa  156  6e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.860051  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  28.61 
 
 		 432 aa  156  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0838  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.19 
 
 		 420 aa  155  1e-36  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1542  microcin-processing peptidase 2  29.31 
 
 		 467 aa  155  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0708612 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3343  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  25.89 
 
 		 453 aa  155  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0433792  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1735  hypothetical protein  28.85 
 
 		 452 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30 
 
 		 452 aa  154  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0631  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.1 
 
 		 468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  30.38 
 
 		 446 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2720  microcin-processing peptidase 2  31.14 
 
 		 460 aa  154  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  28.78 
 
 		 448 aa  154  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.78 
 
 		 448 aa  154  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_002978  WD1234  pmbA protein  25 
 
 		 444 aa  153  5e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0490  peptidase PmbA  26.73 
 
 		 446 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2560  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.24 
 
 		 479 aa  153  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206592  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0426  peptidase PmbA  26.73 
 
 		 446 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2389  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.33 
 
 		 435 aa  153  7e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.566954 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  25.65 
 
 		 459 aa  152  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1169  peptidase PmbA  27.06 
 
 		 446 aa  152  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0355671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.32 
 
 		 441 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1327  antibiotic maturation factor  27.1 
 
 		 450 aa  152  1e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3455  microcin-processing peptidase 1  26.82 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0495  microcin-processing peptidase 1  26.82 
 
 		 447 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1359  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.75 
 
 		 469 aa  151  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.0000000000049629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4154  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.35 
 
 		 448 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0594  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.59 
 
 		 447 aa  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4078  pmba protein  26.59 
 
 		 447 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.09 
 
 		 448 aa  150  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0533  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  26.35 
 
 		 461 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.34 
 
 		 457 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0773  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.27 
 
 		 435 aa  150  5e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0660  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.25 
 
 		 464 aa  150  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  29.19 
 
 		 447 aa  149  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  28.47 
 
 		 444 aa  149  8e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>