More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2442 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2442  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 446 aa  898    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1775  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  94.84 
 
 		 446 aa  855    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000351423 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2060  pmbA protein, putative  54.16 
 
 		 446 aa  479  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.525901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1709  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.28 
 
 		 445 aa  475  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0311479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0947  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  53.48 
 
 		 445 aa  468  9.999999999999999e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.250758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1049  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  41.98 
 
 		 457 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000445588  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1541  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  41.84 
 
 		 450 aa  334  2e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0734056 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0661  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  42.55 
 
 		 445 aa  332  7.000000000000001e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1002  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  41.61 
 
 		 447 aa  330  3e-89  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2696  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.9 
 
 		 462 aa  300  3e-80  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.781892  normal  0.389793 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0543  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.98 
 
 		 446 aa  274  3e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1482  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.33 
 
 		 442 aa  265  2e-69  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528913  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1030  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.49 
 
 		 442 aa  254  3e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0776  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.33 
 
 		 437 aa  216  4e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.58521  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  33.65 
 
 		 448 aa  206  7e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  33.65 
 
 		 448 aa  206  7e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0324  TldD/PmbA family protein  28.9 
 
 		 449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4760  microcin-processing peptidase 1  29.8 
 
 		 460 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447651  normal  0.0115347 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0326  TldD/PmbA family protein  28.44 
 
 		 449 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  32.22 
 
 		 434 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  30.68 
 
 		 446 aa  186  9e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.09 
 
 		 448 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0882  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.09 
 
 		 436 aa  182  1e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3343  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.12 
 
 		 453 aa  182  1e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0433792  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  29.51 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2382  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.83 
 
 		 438 aa  180  4.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  28.98 
 
 		 450 aa  179  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  31.11 
 
 		 452 aa  179  7e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.1 
 
 		 457 aa  179  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  29.72 
 
 		 446 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3530  PmbA/TldD family protein  30.5 
 
 		 436 aa  177  5e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.314475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  29.72 
 
 		 446 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  29.72 
 
 		 446 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  28.94 
 
 		 450 aa  176  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  29.72 
 
 		 446 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  29.72 
 
 		 446 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  29.17 
 
 		 450 aa  176  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  27.46 
 
 		 441 aa  176  7e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0495  microcin-processing peptidase 1  29.45 
 
 		 447 aa  176  9e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  28.7 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0275  peptidase PmbA  30.92 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1709  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.84 
 
 		 441 aa  176  9.999999999999999e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  28.7 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  28.7 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3455  microcin-processing peptidase 1  29.45 
 
 		 447 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  28.7 
 
 		 446 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  28.7 
 
 		 450 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.7 
 
 		 450 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  28.57 
 
 		 447 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  28.7 
 
 		 450 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1735  hypothetical protein  29.31 
 
 		 452 aa  174  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0200  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.57 
 
 		 435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.06513  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  29.58 
 
 		 452 aa  174  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3740  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  31.41 
 
 		 460 aa  173  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0413  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  33.33 
 
 		 450 aa  173  5.999999999999999e-42  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.207758  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01893  PmbA  30.47 
 
 		 455 aa  172  9e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  30.07 
 
 		 432 aa  172  9e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0267  peptidase PmbA  30.26 
 
 		 446 aa  172  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3631  microcin-processing peptidase 1  29.23 
 
 		 447 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3805  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.23 
 
 		 461 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0202  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.34 
 
 		 435 aa  171  2e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0734503  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0538  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.23 
 
 		 447 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0512  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.01 
 
 		 461 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0594  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  29.45 
 
 		 447 aa  170  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1735  hypothetical protein  29 
 
 		 452 aa  169  6e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0390  microcin-processing peptidase 1  26.73 
 
 		 444 aa  169  7e-41  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.248859  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0533  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.01 
 
 		 461 aa  169  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3552  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.54 
 
 		 456 aa  169  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4078  pmba protein  29.01 
 
 		 447 aa  168  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1210  TldD/PmbA family protein  27.15 
 
 		 440 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4384  peptidase PmbA  29.21 
 
 		 446 aa  167  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2560  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  30.95 
 
 		 479 aa  167  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206592  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0482  PmbA protein  30.11 
 
 		 453 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.325985 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0887  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.84 
 
 		 457 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.537787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0971  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  28.41 
 
 		 469 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0235752  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0414  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  30.34 
 
 		 455 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.273882  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0575  microcin-processing peptidase 1  29.83 
 
 		 452 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0474  PmbA protein  30.34 
 
 		 455 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.184246  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1053  microcin-processing peptidase 1  28.41 
 
 		 486 aa  166  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1234  pmbA protein  26.05 
 
 		 444 aa  166  9e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0816  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.37 
 
 		 457 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  26.55 
 
 		 459 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1687  putative Zn-dependent protease, pmbA-like protein  30.57 
 
 		 464 aa  165  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4551  pmbA protein  27.62 
 
 		 453 aa  164  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2079  microcin-processing peptidase 1  28.37 
 
 		 485 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.941845 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0631  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  29.17 
 
 		 468 aa  162  9e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0426  peptidase PmbA  29.11 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1169  peptidase PmbA  29.11 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0355671 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00273  pmbA protein  27.97 
 
 		 443 aa  162  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0490  peptidase PmbA  29.11 
 
 		 446 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3663  peptidase PmbA  28.89 
 
 		 446 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0847  microcin-processing peptidase 1  27.63 
 
 		 448 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.273419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1327  antibiotic maturation factor  25.7 
 
 		 450 aa  160  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0982  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  28.1 
 
 		 448 aa  160  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0755  microcin-processing peptidase 1  26.49 
 
 		 440 aa  159  7e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1165  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.77 
 
 		 444 aa  159  8e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.860051  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0942  pmbA protein  28.1 
 
 		 452 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0650  pmbA protein  26.1 
 
 		 448 aa  159  9e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.501682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2323  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  27.78 
 
 		 469 aa  158  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118827  normal  0.680287 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3287  microcin-processing peptidase 1  26.23 
 
 		 476 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>