263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1054 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0632  glycine--tRNA ligase  57.53 
 
 
661 aa  776    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.563385  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0731  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.34 
 
 
672 aa  674    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0707  glycine--tRNA ligase  50.9 
 
 
672 aa  676    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1054  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  100 
 
 
672 aa  1353    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000126783  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1092  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.01 
 
 
689 aa  523  1e-147  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.26 
 
 
687 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.92 
 
 
687 aa  399  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1733  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.01 
 
 
690 aa  395  1e-108  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.92 
 
 
687 aa  387  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.11 
 
 
688 aa  383  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.65 
 
 
687 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.86 
 
 
698 aa  373  1e-102  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.8 
 
 
686 aa  372  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.16 
 
 
694 aa  372  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.41 
 
 
694 aa  366  1e-100  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.63 
 
 
705 aa  369  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.5 
 
 
687 aa  367  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.19 
 
 
692 aa  362  2e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  32.9 
 
 
695 aa  361  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  31.51 
 
 
696 aa  361  3e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1208  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.03 
 
 
693 aa  358  1.9999999999999998e-97  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0414092  normal  0.146925 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.31 
 
 
688 aa  356  6.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1712  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.06 
 
 
702 aa  355  1e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00327927  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12440  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.48 
 
 
686 aa  355  2e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1053  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.18 
 
 
678 aa  352  8.999999999999999e-96  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  34.1 
 
 
688 aa  349  7e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.94 
 
 
690 aa  349  9e-95  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  32.37 
 
 
690 aa  347  3e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0485  glycine--tRNA ligase  31.59 
 
 
688 aa  346  8e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4254  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.59 
 
 
690 aa  346  8.999999999999999e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  31.88 
 
 
693 aa  344  2.9999999999999997e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.13 
 
 
696 aa  340  4e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.43 
 
 
693 aa  339  9e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.18 
 
 
693 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.56 
 
 
688 aa  337  5e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.66 
 
 
692 aa  334  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0601  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.48 
 
 
664 aa  332  2e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3935  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.01 
 
 
680 aa  330  4e-89  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000397713  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0741  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.09 
 
 
691 aa  328  1.0000000000000001e-88  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.143146  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0993  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.31 
 
 
693 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4816  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.61 
 
 
717 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.642859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.35 
 
 
685 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0994  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.3 
 
 
689 aa  328  2.0000000000000001e-88  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.18697  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.33 
 
 
684 aa  327  3e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2033  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.37 
 
 
696 aa  327  3e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00144588  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.28 
 
 
688 aa  327  3e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.32 
 
 
684 aa  327  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.25 
 
 
692 aa  326  9e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
684 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.69 
 
 
688 aa  325  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.14 
 
 
684 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.76 
 
 
689 aa  324  4e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0270  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.41 
 
 
679 aa  323  7e-87  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  323  8e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  323  8e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.61 
 
 
689 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.62 
 
 
684 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  30.61 
 
 
689 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.61 
 
 
689 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.43 
 
 
685 aa  322  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1061  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.01 
 
 
691 aa  322  1.9999999999999998e-86  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0794  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.18 
 
 
716 aa  321  3e-86  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.934108  normal  0.0595481 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.81 
 
 
689 aa  321  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.32 
 
 
683 aa  321  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  31.23 
 
 
693 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  30.06 
 
 
691 aa  320  6e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.17 
 
 
683 aa  320  6e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2388  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.82 
 
 
711 aa  320  7e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2337  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.82 
 
 
711 aa  320  7e-86  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0491  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.09 
 
 
664 aa  318  3e-85  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.190343  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  30.22 
 
 
700 aa  317  4e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.42 
 
 
688 aa  317  5e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.58 
 
 
689 aa  316  9e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00370  glycyl-tRNA synthetase, tetrameric type, beta subunit  30.1 
 
 
694 aa  316  9.999999999999999e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.740961  hitchhiker  0.00000247045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  29.61 
 
 
684 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.25 
 
 
694 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1193  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.76 
 
 
685 aa  315  1.9999999999999998e-84  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1369  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.94 
 
 
664 aa  314  2.9999999999999996e-84  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.183834  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.43 
 
 
727 aa  314  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.4 
 
 
689 aa  313  5.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1115  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.55 
 
 
690 aa  313  9e-84  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.217479  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.57 
 
 
689 aa  312  1e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1248  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.64 
 
 
664 aa  312  1e-83  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.295288  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.97 
 
 
689 aa  311  2e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.32 
 
 
684 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1197  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.6 
 
 
673 aa  310  5e-83  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.28917  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0930  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  30.4 
 
 
697 aa  310  5e-83  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.11 
 
 
689 aa  310  6.999999999999999e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.8 
 
 
692 aa  310  8e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.86 
 
 
689 aa  309  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.36 
 
 
688 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  30.19 
 
 
689 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.86 
 
 
672 aa  308  2.0000000000000002e-82  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.778368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0291  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  29.45 
 
 
701 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.265784 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  31.1 
 
 
689 aa  307  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  29.86 
 
 
689 aa  307  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.66 
 
 
689 aa  306  6e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>