78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1623 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1623  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 203 aa  414  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.74 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.76 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.239395 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1905  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 		 182 aa  63.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1169  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.438455  normal  0.362742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.46 
 
 		 200 aa  61.2  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2171  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.44 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2004  RNA polymerase sigma factor  32.03 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  35.76 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.88 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.791504 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2361  RNA polymerase sigma-E factor sigma-24 homolog transcription regulator protein  31.79 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.168688 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0545  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  36.17 
 
 		 175 aa  52.4  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.54892  normal  0.0924037 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0473  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.41 
 
 		 188 aa  51.6  0.000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1519  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.37 
 
 		 191 aa  51.2  0.000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3547  putative RNA polymerase sigma-e factor sigma-24  32.89 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.257444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0722  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.02 
 
 		 206 aa  50.4  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.344115  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0309  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.02 
 
 		 197 aa  49.3  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745731 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  22.8 
 
 		 194 aa  48.9  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3259  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.82 
 
 		 191 aa  49.3  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0667372  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.23 
 
 		 193 aa  48.5  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3570  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 		 221 aa  48.5  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1183  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.84 
 
 		 202 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.592334  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4021  sigma-24 (FecI-like)  32.06 
 
 		 127 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.785989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3107  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.27 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.921082  normal  0.0263435 
 
 
-
 
NC_002936  DET1348  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.43 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1210  RNA polymerase sigma factor SigE  34.23 
 
 		 230 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.380405  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4397  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.4 
 
 		 207 aa  47.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4146  sigma-24 (FecI-like)  26.84 
 
 		 187 aa  47  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  28.06 
 
 		 249 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3891  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.81 
 
 		 204 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.611109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.51 
 
 		 225 aa  46.6  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1907  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.65 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.42 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2415  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.18 
 
 		 222 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.752744 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2921  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 		 195 aa  46.2  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.485125  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1433  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.42 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.735901  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0274  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.93 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.561325  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3014  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  34.9 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.608235  normal  0.939252 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 		 193 aa  45.4  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6588  sigma-24 (FecI-like)  31.58 
 
 		 203 aa  45.4  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0137066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.84 
 
 		 176 aa  45.4  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000288363  hitchhiker  0.0000991557 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1868  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.79 
 
 		 222 aa  45.1  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.928596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1043  RNA polymerase sigma factor sigW, putative  25.86 
 
 		 202 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.488371  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2959  putative RNA polymerase sigma factor  30.4 
 
 		 181 aa  44.7  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3699  sigma-24 (FecI-like)  29.33 
 
 		 203 aa  44.7  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0644917  normal  0.86875 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1130  RNA polymerase sigma-70 factor, ECF subfamily  24.73 
 
 		 179 aa  44.7  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.938596  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5661  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.78 
 
 		 216 aa  44.3  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.174668 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3071  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.8 
 
 		 184 aa  43.9  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0966901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2126  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.05 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.483975  normal  0.031897 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.02 
 
 		 192 aa  44.3  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 		 189 aa  44.3  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.63 
 
 		 195 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.89 
 
 		 230 aa  43.5  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8248  RNA polymerase sigma factor SigL  30.43 
 
 		 177 aa  43.5  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1474  ECF sigma factor  27.14 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  23.78 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.03 
 
 		 195 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.87 
 
 		 218 aa  43.5  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1920  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.14 
 
 		 198 aa  43.5  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0798561  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.3 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0986  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.34 
 
 		 202 aa  43.1  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.544893  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4229  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 		 184 aa  42.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0286027  normal  0.13941 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1554  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.26 
 
 		 209 aa  43.1  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.657914 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  47.27 
 
 		 206 aa  42.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0403727  normal  0.062306 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0106  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.76 
 
 		 200 aa  42.7  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.91 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.39 
 
 		 182 aa  43.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1847  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.9 
 
 		 198 aa  43.1  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.74 
 
 		 694 aa  42.7  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1826  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.95 
 
 		 235 aa  42.4  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.184258  normal  0.243335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8416  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.67 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0723517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  25 
 
 		 190 aa  42.4  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0226  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.71 
 
 		 191 aa  42  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0238  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.84 
 
 		 197 aa  42  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0892  RNA polymerase sigma factor RpoE  25.86 
 
 		 202 aa  41.6  0.007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2616  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  21.88 
 
 		 197 aa  41.2  0.009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0504  RNA polymerase sigma factor SigE  29.28 
 
 		 191 aa  41.2  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.221643  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4471  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.18 
 
 		 236 aa  41.2  0.01  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.368795 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>