51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2616 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2616  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  100 
 
 		 197 aa  402  1e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.42 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0952  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  24.62 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.41 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.69 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.74 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2250  RNA polymerase sigma factor SigX  27.33 
 
 		 185 aa  52.8  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2267  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 		 196 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0916495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1623  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.88 
 
 		 203 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1678  sigma-24 (FecI-like)  27.78 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.387697  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.62 
 
 		 223 aa  48.9  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.78 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.103382  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.27 
 
 		 219 aa  48.9  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.81 
 
 		 185 aa  48.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.512867 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0679  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  21.16 
 
 		 178 aa  48.1  0.00008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1493  RNA polymerase factor sigma-70  21.03 
 
 		 179 aa  48.1  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.225299  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.48 
 
 		 189 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0892  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.66 
 
 		 202 aa  47  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.645339 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3852  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  21.39 
 
 		 189 aa  45.8  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.87 
 
 		 218 aa  45.8  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1154  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1413  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.113039  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215371  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0425  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.303094  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0146  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169169  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1187  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.140841  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0014  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  26.32 
 
 		 173 aa  45.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7979  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.6 
 
 		 173 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.262256  normal  0.180906 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0798  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.25 
 
 		 183 aa  45.1  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.19295  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0518  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.42 
 
 		 215 aa  44.7  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00604646  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6742  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.4 
 
 		 196 aa  44.7  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.61 
 
 		 172 aa  44.7  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1043  RNA polymerase sigma factor sigW, putative  27.97 
 
 		 202 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.488371  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07625  RNA polymerase sigma-70 factor  24.11 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  22.81 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  26 
 
 		 166 aa  43.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.15 
 
 		 213 aa  42.7  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1985  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.56 
 
 		 179 aa  42.7  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0668823 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1987  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  21.76 
 
 		 189 aa  42.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.11548  hitchhiker  0.00000960214 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  23.47 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0087  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.74 
 
 		 179 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.42 
 
 		 192 aa  42  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2471  sigma-24 (FecI-like)  20.11 
 
 		 208 aa  42  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0956767  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4185  ECF subfamily RNA polymerase sigma 24 subunit  24.62 
 
 		 218 aa  42.4  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.465475  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1215  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.5 
 
 		 187 aa  42  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4155  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.13 
 
 		 203 aa  41.6  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00426853  hitchhiker  0.000149569 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0054  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  23.71 
 
 		 195 aa  41.6  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.528133  normal  0.722113 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.13 
 
 		 187 aa  41.6  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4131  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.16 
 
 		 207 aa  41.2  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00797999 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>