41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3744 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3744  RC101  100 
 
 		 340 aa  691    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.803465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  35.33 
 
 		 350 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  30.39 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  29.05 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4103  parB-like partition protein  32.89 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  32.61 
 
 		 348 aa  53.9  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5174  parB-like partition protein  33.81 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.690841 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  28.86 
 
 		 328 aa  53.1  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  28.86 
 
 		 328 aa  52.8  0.000008  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  31.17 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  27.27 
 
 		 326 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  30 
 
 		 328 aa  50.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  29.41 
 
 		 312 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  32.06 
 
 		 360 aa  50.4  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  31.34 
 
 		 347 aa  50.8  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5616  plasmid partitioning protein RepB  31.11 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.389719  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0077  ParB family protein  32.77 
 
 		 335 aa  50.1  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  hitchhiker  0.00493853 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4692  parB-like partition proteins  28.22 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0209451  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  32.58 
 
 		 336 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  28.19 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0081  chromosome segregation DNA-binding protein  28.29 
 
 		 261 aa  47.8  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7171  plasmid partitioning protein RepB  32.84 
 
 		 331 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.29862 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4022  ParB-like partition protein  29.51 
 
 		 316 aa  47.4  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574096  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  28.74 
 
 		 321 aa  47.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  29.81 
 
 		 358 aa  47  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  30.52 
 
 		 336 aa  46.2  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  28 
 
 		 359 aa  46.2  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2925  parB-like partition protein  26.45 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  27.17 
 
 		 353 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  33.96 
 
 		 340 aa  45.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  29.41 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  29.13 
 
 		 335 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4672  parB-like partition protein  26.34 
 
 		 347 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  33 
 
 		 336 aa  44.3  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  29.23 
 
 		 347 aa  43.9  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  29.75 
 
 		 331 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  32.71 
 
 		 329 aa  43.5  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  29.17 
 
 		 326 aa  43.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  31.78 
 
 		 329 aa  42.7  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  30.15 
 
 		 333 aa  42.7  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0096  ParB family chromosome partitioning protein  27.74 
 
 		 278 aa  42.4  0.01  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>