More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0001 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
436 aa  906    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2081  chromosomal replication initiator protein DnaA  56.38 
 
 
444 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0007  chromosomal replication initiator protein DnaA  51.15 
 
 
433 aa  419  1e-116  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3097  Sigma 54 interacting domain protein  39.76 
 
 
426 aa  323  3e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2470  Chromosomal replication initiator DnaA domain protein  39.86 
 
 
451 aa  318  1e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000450435  decreased coverage  0.000021733 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0003  Chromosomal replication initiator DnaA domain protein  33.9 
 
 
457 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  27.84 
 
 
458 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  29.66 
 
 
459 aa  201  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  30.07 
 
 
452 aa  200  5e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  27.49 
 
 
460 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  27.6 
 
 
449 aa  196  7e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.91 
 
 
458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  29.63 
 
 
445 aa  189  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  28.43 
 
 
442 aa  188  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.24 
 
 
463 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.75 
 
 
439 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0001  chromosomal replication initiation protein  28.34 
 
 
450 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000322878  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.79 
 
 
453 aa  181  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  32.11 
 
 
450 aa  180  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  29.49 
 
 
445 aa  180  4.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.91 
 
 
469 aa  179  5.999999999999999e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.24 
 
 
444 aa  179  7e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.96 
 
 
461 aa  179  7e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.71 
 
 
454 aa  178  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.02 
 
 
534 aa  177  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.14 
 
 
528 aa  177  4e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.561876  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  29.33 
 
 
450 aa  176  7e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.82 
 
 
506 aa  176  7e-43  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  29.8 
 
 
457 aa  176  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  32.34 
 
 
443 aa  176  8e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  29.8 
 
 
457 aa  176  9e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.44 
 
 
439 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.83 
 
 
591 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.000633656  unclonable  0.0000000292755 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  30.05 
 
 
446 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0001  chromosomal replication initiation protein  27.07 
 
 
469 aa  174  1.9999999999999998e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.43 
 
 
587 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00000000718914  hitchhiker  0.000588843 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  29.33 
 
 
450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  26.94 
 
 
465 aa  173  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000010295  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  31.85 
 
 
451 aa  172  7.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  23.89 
 
 
492 aa  172  7.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  29.54 
 
 
446 aa  172  9e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  29.54 
 
 
446 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  29.54 
 
 
446 aa  172  9e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  29.54 
 
 
446 aa  172  9e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  29.54 
 
 
446 aa  172  9e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.62 
 
 
570 aa  172  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000116219  normal  0.231349 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  28.6 
 
 
455 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  30.05 
 
 
446 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.24 
 
 
468 aa  172  2e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  30.05 
 
 
446 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  29.78 
 
 
446 aa  171  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.16 
 
 
450 aa  171  2e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  29.78 
 
 
446 aa  171  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.66 
 
 
566 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0000150843  normal  0.201816 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.22 
 
 
446 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.74 
 
 
476 aa  171  3e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  unclonable  0.00000000240109  normal  0.165841 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  30.3 
 
 
440 aa  170  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  28.99 
 
 
446 aa  170  5e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27 
 
 
462 aa  170  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  27.04 
 
 
468 aa  169  6e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  27.53 
 
 
452 aa  169  7e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  27.53 
 
 
452 aa  169  7e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  27.04 
 
 
468 aa  169  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  31.5 
 
 
453 aa  169  8e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  31.5 
 
 
453 aa  169  8e-41  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.64 
 
 
449 aa  169  8e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2357  chromosomal replication initiator protein DnaA  25.27 
 
 
476 aa  169  9e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.048166  normal  0.586326 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  26.95 
 
 
462 aa  169  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  26.95 
 
 
462 aa  169  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  27.63 
 
 
466 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.51 
 
 
457 aa  169  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  27.63 
 
 
466 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  27.63 
 
 
466 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.18 
 
 
457 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0001  chromosomal replication initiation protein  28.05 
 
 
440 aa  169  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.203604  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  26.89 
 
 
463 aa  169  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  26.95 
 
 
450 aa  169  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  27.63 
 
 
466 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.5 
 
 
447 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0001  DNA replication initiation ATPase- like protein  32.95 
 
 
582 aa  169  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00000523076  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.72 
 
 
518 aa  168  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.7384  hitchhiker  0.00538334 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0001  chromosomal replication initiation protein  28.01 
 
 
440 aa  167  2e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  27.17 
 
 
468 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  26.71 
 
 
451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.09 
 
 
454 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.09 
 
 
481 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.0000310067  unclonable  0.000054574 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.74 
 
 
447 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3606  chromosomal replication initiator protein DnaA  24.68 
 
 
476 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  26.71 
 
 
451 aa  167  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  26.68 
 
 
467 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.34 
 
 
458 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.642336  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  26.24 
 
 
472 aa  167  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  27.38 
 
 
464 aa  167  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  28.11 
 
 
458 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>