250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3144 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3144  50S ribosomal protein L30P  100 
 
 		 58 aa  112  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00426449  normal  0.517649 
 
 
-
 
NC_002950  PG1920  50S ribosomal protein L30  58.62 
 
 		 58 aa  67  0.00000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1165  ribosomal protein L30  55.17 
 
 		 60 aa  66.6  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0238575  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5769  ribosomal protein L30  58.62 
 
 		 59 aa  64.7  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.845625 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0620  ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 59 aa  64.3  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.752078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1633  ribosomal protein L30  57.89 
 
 		 61 aa  63.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  56.9 
 
 		 59 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0179  50S ribosomal protein L30  57.41 
 
 		 60 aa  61.2  0.000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.18169 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4361  ribosomal protein L30  53.45 
 
 		 59 aa  60.8  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000836724  normal  0.0761791 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  60.5  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05810  ribosomal protein L30  53.45 
 
 		 59 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  59.7  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 60 aa  58.2  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 61 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 		 60 aa  58.2  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  57.8  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  50 
 
 		 66 aa  57  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  50 
 
 		 58 aa  57  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1267  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 58 aa  56.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0399706  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  52.73 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 58 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 75 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  0.0000650866 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  46.3 
 
 		 58 aa  55.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 58 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 59 aa  53.9  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000050093  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2800  ribosomal protein L30  42.59 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.683701 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  53.5  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00008814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000211905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000437518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000462232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0609  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  53.5  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  53.1  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  48.21 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  53.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1335  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 61 aa  52  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0379  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3006  50S ribosomal protein L30  47.17 
 
 		 65 aa  52.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.319275  hitchhiker  0.00803225 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 65 aa  52.4  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  46.55 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000032367  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 62 aa  52.4  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138401  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  44.83 
 
 		 60 aa  51.6  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  46.55 
 
 		 60 aa  51.6  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  48.28 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  44.83 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 61 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  43.1 
 
 		 61 aa  51.2  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  51.6  0.000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  43.33 
 
 		 61 aa  51.2  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  45.45 
 
 		 60 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  51.6  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 61 aa  50.8  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0444  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 59 aa  50.8  0.000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000247564  hitchhiker  0.000093478 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000219229  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2921  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  50.4  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000749762  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  50.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  43.1 
 
 		 59 aa  50.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>