160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avin_34900 on replicon NC_012560
Organism: Azotobacter vinelandii DJ



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012560  Avin_34900  Membrane protein  100 
 
 
344 aa  673    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.294061  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.25 
 
 
430 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.64 
 
 
421 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.83 
 
 
421 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.82 
 
 
426 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.64 
 
 
421 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.77 
 
 
424 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.19 
 
 
442 aa  96.3  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  26.26 
 
 
422 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  28.87 
 
 
432 aa  93.2  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.34 
 
 
423 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.26 
 
 
415 aa  90.9  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  25.77 
 
 
419 aa  90.5  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.29 
 
 
424 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  26.98 
 
 
424 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.36 
 
 
423 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.57 
 
 
420 aa  90.1  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  23.86 
 
 
429 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.62 
 
 
422 aa  87.4  3e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.78 
 
 
430 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.81 
 
 
428 aa  86.7  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.28 
 
 
417 aa  84.3  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.72 
 
 
430 aa  84  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  24.56 
 
 
445 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
427 aa  82.8  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.19 
 
 
415 aa  82.4  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.72 
 
 
432 aa  82.4  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  26.86 
 
 
405 aa  82  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.41 
 
 
429 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.09 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.8 
 
 
427 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  27.41 
 
 
437 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  24.01 
 
 
438 aa  79.3  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.85 
 
 
437 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.59 
 
 
437 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.59 
 
 
437 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.59 
 
 
435 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.59 
 
 
435 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.59 
 
 
435 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.68 
 
 
421 aa  77.4  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.64 
 
 
364 aa  77  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.88 
 
 
442 aa  76.6  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.68 
 
 
421 aa  76.6  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  25.83 
 
 
429 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.68 
 
 
421 aa  76.3  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.23 
 
 
446 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.61 
 
 
426 aa  75.9  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.5 
 
 
447 aa  74.7  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.49 
 
 
446 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.92 
 
 
413 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.57 
 
 
440 aa  74.7  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.23 
 
 
446 aa  74.3  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.23 
 
 
446 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.23 
 
 
446 aa  73.9  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  23.76 
 
 
442 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.6 
 
 
401 aa  73.6  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.11 
 
 
437 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  22.59 
 
 
414 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.97 
 
 
451 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.9 
 
 
446 aa  72.8  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001387  long-chain fatty acid transport protein  23.97 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.81 
 
 
450 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.74 
 
 
449 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.76 
 
 
404 aa  72.8  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.74 
 
 
449 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.22 
 
 
448 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  22.22 
 
 
448 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  22.22 
 
 
446 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  23.23 
 
 
407 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.35 
 
 
449 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.35 
 
 
449 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.56 
 
 
450 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.8 
 
 
448 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.74 
 
 
451 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.65 
 
 
444 aa  70.1  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  26.05 
 
 
446 aa  69.7  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.41 
 
 
448 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.91 
 
 
450 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  21.68 
 
 
414 aa  69.3  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.35 
 
 
449 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.19 
 
 
450 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1728  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.43 
 
 
380 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
450 aa  65.9  0.0000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.29 
 
 
450 aa  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3994  long-chain fatty acid ABC transporter  25.93 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.07 
 
 
412 aa  65.1  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.74 
 
 
439 aa  65.1  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  23.72 
 
 
412 aa  64.3  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.87 
 
 
417 aa  63.9  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.67 
 
 
424 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3997  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.5 
 
 
410 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0634877  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  18.21 
 
 
464 aa  62.4  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  24.26 
 
 
432 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.08 
 
 
441 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06385  hypothetical protein  23.96 
 
 
304 aa  60.8  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3896  hypothetical protein  27.14 
 
 
442 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1307  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.51 
 
 
464 aa  60.5  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.44634  normal  0.0300258 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.89 
 
 
449 aa  60.1  0.00000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4038  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.14 
 
 
410 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.813812  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.08 
 
 
441 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>