173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001387 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001387  long-chain fatty acid transport protein  100 
 
 
368 aa  752    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06385  hypothetical protein  72.31 
 
 
304 aa  445  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.42 
 
 
430 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  24.55 
 
 
422 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.78 
 
 
448 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  25.8 
 
 
437 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.54 
 
 
448 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.45 
 
 
424 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3994  long-chain fatty acid ABC transporter  26.7 
 
 
371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  28.24 
 
 
415 aa  113  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.62 
 
 
423 aa  113  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1728  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.85 
 
 
380 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.63 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.63 
 
 
423 aa  110  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
449 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.64 
 
 
439 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  24.81 
 
 
453 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.39 
 
 
449 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.23 
 
 
440 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
434 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.5 
 
 
438 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.43 
 
 
426 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
451 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  25.78 
 
 
414 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.86 
 
 
430 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.45 
 
 
428 aa  108  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.04 
 
 
427 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.33 
 
 
427 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  24.02 
 
 
424 aa  106  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.53 
 
 
450 aa  106  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.83 
 
 
421 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  24.66 
 
 
414 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  28.4 
 
 
442 aa  104  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.92 
 
 
442 aa  103  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.49 
 
 
427 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.5 
 
 
441 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  24.18 
 
 
464 aa  102  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.77 
 
 
421 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  26.85 
 
 
420 aa  102  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.58 
 
 
443 aa  102  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  25.07 
 
 
412 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.42 
 
 
432 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25.19 
 
 
445 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.96 
 
 
451 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.06 
 
 
415 aa  99.8  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  24.73 
 
 
424 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.94 
 
 
417 aa  99  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.83 
 
 
421 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  24.46 
 
 
429 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.93 
 
 
430 aa  97.4  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.33 
 
 
450 aa  96.7  5e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.79 
 
 
452 aa  96.7  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  27.5 
 
 
419 aa  96.7  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  25.45 
 
 
419 aa  96.3  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.83 
 
 
415 aa  96.3  8e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  25.7 
 
 
407 aa  96.3  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  26.02 
 
 
429 aa  95.5  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  27.39 
 
 
428 aa  95.5  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.86 
 
 
450 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.8 
 
 
421 aa  94.4  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.8 
 
 
421 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  26.05 
 
 
432 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.8 
 
 
421 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.37 
 
 
444 aa  92.8  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.74 
 
 
422 aa  90.9  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  26.51 
 
 
438 aa  90.5  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.65 
 
 
445 aa  90.5  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000167182  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  25.06 
 
 
428 aa  90.1  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.48 
 
 
401 aa  89.7  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.01 
 
 
400 aa  89.7  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.97 
 
 
416 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.54 
 
 
437 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.54 
 
 
435 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.54 
 
 
437 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.29 
 
 
435 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.54 
 
 
435 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.24 
 
 
442 aa  86.3  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.29 
 
 
440 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.13 
 
 
429 aa  84  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  19.75 
 
 
420 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.1 
 
 
449 aa  83.2  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  20.35 
 
 
432 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.41 
 
 
448 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  22.41 
 
 
446 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.66 
 
 
446 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  22.41 
 
 
448 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.41 
 
 
446 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.41 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.41 
 
 
446 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.41 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.17 
 
 
446 aa  79.7  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.77 
 
 
440 aa  79.3  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.89 
 
 
428 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.84 
 
 
565 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
433 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.77 
 
 
431 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.4 
 
 
417 aa  76.3  0.0000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>