187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2436 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  73.78 
 
 
439 aa  661    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
438 aa  893    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  69.49 
 
 
440 aa  609  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  66.07 
 
 
434 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  67.41 
 
 
441 aa  600  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  65.17 
 
 
440 aa  570  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  59.87 
 
 
431 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  59.03 
 
 
433 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  59.65 
 
 
431 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  57.99 
 
 
440 aa  513  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1587  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.64 
 
 
438 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000318349  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  59.2 
 
 
428 aa  510  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  58.08 
 
 
445 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000167182  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2791  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.42 
 
 
438 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000898305  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.88 
 
 
443 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  57.75 
 
 
427 aa  491  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  44.39 
 
 
420 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  43.37 
 
 
419 aa  354  2e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  42.45 
 
 
428 aa  342  5e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  41.77 
 
 
415 aa  331  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  40.62 
 
 
428 aa  317  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  37.58 
 
 
432 aa  300  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  38.55 
 
 
414 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  37.44 
 
 
414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  36.96 
 
 
412 aa  265  1e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  35.68 
 
 
453 aa  258  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.94 
 
 
417 aa  243  5e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.19 
 
 
427 aa  243  6e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  36.76 
 
 
419 aa  239  5.999999999999999e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.37 
 
 
422 aa  238  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.88 
 
 
415 aa  236  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.49 
 
 
430 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.8 
 
 
450 aa  232  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.36 
 
 
448 aa  230  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.84 
 
 
440 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.93 
 
 
449 aa  229  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.14 
 
 
448 aa  228  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.95 
 
 
421 aa  228  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.93 
 
 
449 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.93 
 
 
449 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.93 
 
 
449 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.95 
 
 
421 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.95 
 
 
444 aa  227  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.71 
 
 
421 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.92 
 
 
449 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  32.89 
 
 
429 aa  224  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.1 
 
 
437 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.33 
 
 
437 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.26 
 
 
435 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.52 
 
 
451 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.26 
 
 
435 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  33.26 
 
 
435 aa  223  4.9999999999999996e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  32.19 
 
 
448 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  32.19 
 
 
446 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  32.19 
 
 
448 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  31.15 
 
 
437 aa  218  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  217  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  217  4e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  216  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  31.96 
 
 
446 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.16 
 
 
452 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.77 
 
 
450 aa  204  2e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  31.55 
 
 
442 aa  204  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  31.59 
 
 
445 aa  202  9e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.82 
 
 
451 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.5 
 
 
428 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  29.44 
 
 
464 aa  192  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.63 
 
 
432 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  30.45 
 
 
438 aa  184  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.71 
 
 
424 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  29.41 
 
 
432 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  29.9 
 
 
424 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.41 
 
 
400 aa  164  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.29 
 
 
423 aa  162  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.33 
 
 
427 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.2 
 
 
421 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.94 
 
 
450 aa  151  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.64 
 
 
426 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  25.95 
 
 
422 aa  149  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.13 
 
 
423 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.47 
 
 
421 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.98 
 
 
421 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.21 
 
 
450 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.09 
 
 
442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.88 
 
 
488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.76 
 
 
401 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.57 
 
 
415 aa  130  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  24.83 
 
 
463 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.48 
 
 
430 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.05 
 
 
364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.38 
 
 
429 aa  126  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.87 
 
 
424 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.74 
 
 
450 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  23.39 
 
 
429 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.3 
 
 
450 aa  121  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  26.03 
 
 
405 aa  121  3e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.16 
 
 
442 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5229  outer membrane protein  24.35 
 
 
482 aa  117  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>