More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6026 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6026  elongation factor P  100 
 
 		 189 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524609  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3799  elongation factor P  90.48 
 
 		 189 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282842  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4128  elongation factor P  89.95 
 
 		 189 aa  363  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593775  normal  0.232702 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3478  elongation factor P  84.66 
 
 		 189 aa  338  4e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2531  elongation factor P  74.07 
 
 		 189 aa  303  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1884  elongation factor P  74.47 
 
 		 188 aa  301  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0379  elongation factor P  74.47 
 
 		 188 aa  300  1e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.399775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2738  elongation factor P  73.4 
 
 		 188 aa  294  5e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.827612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3194  elongation factor P  71.81 
 
 		 188 aa  293  1e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3230  elongation factor P  70.74 
 
 		 188 aa  292  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3005  elongation factor P  70.43 
 
 		 186 aa  289  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0455  elongation factor P  68.25 
 
 		 189 aa  285  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.627481 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3225  elongation factor P  68.25 
 
 		 189 aa  283  8e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2404  elongation factor P  69.15 
 
 		 188 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0479  elongation factor P  69.15 
 
 		 188 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2131  elongation factor P  69.15 
 
 		 188 aa  281  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2956  elongation factor P  67.55 
 
 		 188 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0761  elongation factor P  69.15 
 
 		 188 aa  275  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.490004  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2302  elongation factor P  68.62 
 
 		 188 aa  276  2e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0910613  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2504  elongation factor P  67.02 
 
 		 188 aa  274  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2792  elongation factor P  66.49 
 
 		 188 aa  274  6e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4012  elongation factor P  66.49 
 
 		 188 aa  273  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1643  elongation factor P  68.09 
 
 		 188 aa  272  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2809  elongation factor P  67.02 
 
 		 216 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1655  elongation factor P  66.31 
 
 		 207 aa  249  1e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668126 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1500  elongation factor P  49.18 
 
 		 188 aa  192  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1706  elongation factor P  47.54 
 
 		 188 aa  186  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0608317  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  45.7 
 
 		 187 aa  183  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1077  elongation factor P  43.85 
 
 		 187 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3184  elongation factor P  42.47 
 
 		 187 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.509533  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1710  elongation factor P  44.09 
 
 		 186 aa  178  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.820092  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1206  elongation factor P  44.39 
 
 		 211 aa  177  5.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1652  elongation factor P  43.55 
 
 		 186 aa  175  3e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.397183  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0158  elongation factor P  40.43 
 
 		 190 aa  173  9.999999999999999e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1958  elongation factor P  43.01 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2980  elongation factor P  42.47 
 
 		 187 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2589  translation elongation factor P (EF-P)  42.25 
 
 		 188 aa  173  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.626789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2094  elongation factor P  43.32 
 
 		 213 aa  171  5e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1987  elongation factor P  42.25 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3710  elongation factor P  41.49 
 
 		 189 aa  168  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0822316 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3254  elongation factor P  41.18 
 
 		 187 aa  166  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.310404  normal  0.360922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1314  elongation factor P  38.71 
 
 		 187 aa  165  5e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.785399  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3217  elongation factor P  40.64 
 
 		 188 aa  163  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2021  elongation factor P  40.86 
 
 		 187 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0248  elongation factor P  38.71 
 
 		 187 aa  157  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1891  elongation factor P  38.71 
 
 		 187 aa  157  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.405804 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2743  elongation factor P  36.36 
 
 		 187 aa  153  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.481823 
 
 
-
 
NC_002978  WD1281  translation elongation factor P  38.04 
 
 		 188 aa  147  9e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0301  translation elongation factor P (EF-P)  39.67 
 
 		 189 aa  147  9e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0777  translation elongation factor P  39.67 
 
 		 189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.155438  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0851  translation elongation factor P  37.1 
 
 		 186 aa  141  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0977  translation elongation factor P  37.1 
 
 		 186 aa  141  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.025181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1268  translation elongation factor P  37.97 
 
 		 188 aa  141  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0376  elongation factor P  34.57 
 
 		 188 aa  138  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  34.57 
 
 		 188 aa  135  5e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  34.57 
 
 		 188 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  34.57 
 
 		 188 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  34.57 
 
 		 188 aa  133  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4612  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4695  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4604  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.724396  normal  0.715091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4731  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0082  elongation factor P  36.46 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4752  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.69408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04017  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3845  translation elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4704  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4677  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5663  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140312 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3865  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03979  hypothetical protein  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4389  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4616  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23769 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1838  translation elongation factor P  36.07 
 
 		 187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.464834  normal  0.192185 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  34.43 
 
 		 185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3943  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.359107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0412  elongation factor P  33.51 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757192 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1705  translation elongation factor P  34.78 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215577  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0077  elongation factor P  33.16 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164055 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0196  translation elongation factor P  34.76 
 
 		 191 aa  128  4.0000000000000003e-29  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101901  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0333  elongation factor P  32.98 
 
 		 188 aa  128  5.0000000000000004e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340238 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1329  translation elongation factor P  34.97 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.708183  normal  0.80129 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2270  elongation factor P  34.97 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1581  elongation factor P  36.36 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000212505  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1795  translation elongation factor P  34.78 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0233  elongation factor P  36.46 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2089  elongation factor P  33.88 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1803  elongation factor P  33.88 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2339  elongation factor P  35.91 
 
 		 185 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2626  elongation factor P  32.8 
 
 		 189 aa  125  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1052  translation elongation factor P  36.67 
 
 		 185 aa  124  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000883108  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12650  translation elongation factor P (EF-P)  35.33 
 
 		 199 aa  124  8.000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0427626  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4171  translation elongation factor P  35.36 
 
 		 187 aa  123  1e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374404  normal  0.818087 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0466  elongation factor P  32.98 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2565  elongation factor P  33.88 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.870653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1037  elongation factor P  33.52 
 
 		 185 aa  123  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.429569  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2147  elongation factor P  33.52 
 
 		 187 aa  122  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000102512  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  32.97 
 
 		 188 aa  123  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2007  elongation factor P  35 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000960288 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3009  elongation factor P  33.88 
 
 		 211 aa  123  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.144718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>