More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2504 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2504  elongation factor P  100 
 
 		 188 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2956  elongation factor P  96.28 
 
 		 188 aa  373  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2792  elongation factor P  92.02 
 
 		 188 aa  361  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1643  elongation factor P  86.17 
 
 		 188 aa  340  5e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2302  elongation factor P  85.64 
 
 		 188 aa  337  5.9999999999999996e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0910613  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2809  elongation factor P  82.45 
 
 		 216 aa  330  9e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4012  elongation factor P  82.45 
 
 		 188 aa  327  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3194  elongation factor P  71.28 
 
 		 188 aa  298  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1884  elongation factor P  73.4 
 
 		 188 aa  298  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3230  elongation factor P  70.74 
 
 		 188 aa  296  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0379  elongation factor P  72.87 
 
 		 188 aa  296  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.399775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2738  elongation factor P  72.34 
 
 		 188 aa  294  5e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.827612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3005  elongation factor P  70.43 
 
 		 186 aa  292  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3478  elongation factor P  70.21 
 
 		 189 aa  286  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0761  elongation factor P  68.09 
 
 		 188 aa  278  4e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.490004  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2531  elongation factor P  69.68 
 
 		 189 aa  277  5e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6026  elongation factor P  67.02 
 
 		 189 aa  274  5e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524609  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2404  elongation factor P  66.49 
 
 		 188 aa  274  5e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0479  elongation factor P  66.49 
 
 		 188 aa  273  9e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2131  elongation factor P  66.49 
 
 		 188 aa  273  9e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4128  elongation factor P  67.55 
 
 		 189 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593775  normal  0.232702 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3799  elongation factor P  65.43 
 
 		 189 aa  265  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282842  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3225  elongation factor P  65.61 
 
 		 189 aa  264  4e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0455  elongation factor P  64.02 
 
 		 189 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.627481 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1655  elongation factor P  65.24 
 
 		 207 aa  241  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668126 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1500  elongation factor P  49.73 
 
 		 188 aa  195  3e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2589  translation elongation factor P (EF-P)  47.06 
 
 		 188 aa  193  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.626789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3184  elongation factor P  43.01 
 
 		 187 aa  184  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.509533  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1706  elongation factor P  48.13 
 
 		 188 aa  184  8e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0608317  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3710  elongation factor P  43.01 
 
 		 189 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0822316 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1206  elongation factor P  41.4 
 
 		 211 aa  179  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1710  elongation factor P  40.32 
 
 		 186 aa  179  2.9999999999999997e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.820092  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0158  elongation factor P  39.89 
 
 		 190 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1652  elongation factor P  40.32 
 
 		 186 aa  177  5.999999999999999e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.397183  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  40.32 
 
 		 187 aa  175  3e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1077  elongation factor P  43.32 
 
 		 187 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3254  elongation factor P  41.08 
 
 		 187 aa  172  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.310404  normal  0.360922 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2094  elongation factor P  40 
 
 		 213 aa  171  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1987  elongation factor P  40 
 
 		 187 aa  171  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1958  elongation factor P  40.86 
 
 		 187 aa  167  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3217  elongation factor P  40 
 
 		 188 aa  164  5.9999999999999996e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1314  elongation factor P  39.78 
 
 		 187 aa  162  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.785399  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2021  elongation factor P  39.13 
 
 		 187 aa  161  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0248  elongation factor P  39.67 
 
 		 187 aa  160  9e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1891  elongation factor P  39.67 
 
 		 187 aa  160  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.405804 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2743  elongation factor P  38.92 
 
 		 187 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.481823 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2980  elongation factor P  36.56 
 
 		 187 aa  158  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1268  translation elongation factor P  38.92 
 
 		 188 aa  151  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0851  translation elongation factor P  38.17 
 
 		 186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0977  translation elongation factor P  38.17 
 
 		 186 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.025181 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0777  translation elongation factor P  39.13 
 
 		 189 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.155438  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0301  translation elongation factor P (EF-P)  38.59 
 
 		 189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1281  translation elongation factor P  38.04 
 
 		 188 aa  142  3e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0196  translation elongation factor P  40 
 
 		 191 aa  140  9.999999999999999e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101901  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0376  elongation factor P  38.04 
 
 		 188 aa  137  1e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  38.25 
 
 		 188 aa  136  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2270  elongation factor P  34.97 
 
 		 187 aa  132  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0077  elongation factor P  34.05 
 
 		 190 aa  132  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164055 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  36.61 
 
 		 188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  36.61 
 
 		 188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3943  elongation factor P  37.16 
 
 		 188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.359107  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  36.61 
 
 		 188 aa  132  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4731  elongation factor P  35.52 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4695  elongation factor P  35.52 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4752  elongation factor P  35.52 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.69408 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4612  elongation factor P  35.52 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4604  elongation factor P  35.52 
 
 		 188 aa  131  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.724396  normal  0.715091 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4677  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04017  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3845  translation elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4616  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23769 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3865  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5663  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140312 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4389  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4704  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03979  hypothetical protein  34.97 
 
 		 188 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0412  elongation factor P  36.07 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000757192 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2007  elongation factor P  34.44 
 
 		 187 aa  127  7.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000960288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0333  elongation factor P  34.97 
 
 		 188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000340238 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  33.88 
 
 		 185 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1082  translation elongation factor P (EF-P)  38.25 
 
 		 189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.160371 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2358  elongation factor P  35.52 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0880785  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3606  translation elongation factor P (EF-P)  34.41 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.169587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0466  elongation factor P  35.16 
 
 		 188 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0847  elongation factor P  33.7 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000412318  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4171  translation elongation factor P  36.11 
 
 		 187 aa  125  5e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.374404  normal  0.818087 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12650  translation elongation factor P (EF-P)  34.78 
 
 		 199 aa  125  5e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0427626  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0948  translation elongation factor P (EF-P)  32.42 
 
 		 187 aa  125  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103286  decreased coverage  0.000108298 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1752  elongation factor P  34.62 
 
 		 187 aa  124  7e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000421728  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1581  elongation factor P  34.64 
 
 		 185 aa  124  1e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000212505  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  34.41 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3148  translation elongation factor P  34.62 
 
 		 186 aa  123  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1705  translation elongation factor P  32.07 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215577  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2590  translation elongation factor P  32.22 
 
 		 187 aa  123  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.993931  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15510  elongation factor P  33.7 
 
 		 185 aa  122  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.285367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0845  elongation factor P  35.91 
 
 		 185 aa  122  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0082  elongation factor P  31.91 
 
 		 188 aa  122  4e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1660  translation elongation factor P  33.71 
 
 		 186 aa  121  6e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17910  translation elongation factor P (EF-P)  32.79 
 
 		 187 aa  121  7e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.272241  normal  0.645314 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1838  elongation factor P  33.52 
 
 		 187 aa  120  8e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118087  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>