More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1987 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1987  elongation factor P  100 
 
 		 187 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2094  elongation factor P  91.98 
 
 		 213 aa  369  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3254  elongation factor P  91.44 
 
 		 187 aa  361  3e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.310404  normal  0.360922 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2021  elongation factor P  76.34 
 
 		 187 aa  308  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2743  elongation factor P  74.87 
 
 		 187 aa  303  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.481823 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0248  elongation factor P  74.19 
 
 		 187 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72476  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1891  elongation factor P  74.19 
 
 		 187 aa  301  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.405804 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  68.65 
 
 		 187 aa  269  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3184  elongation factor P  63.78 
 
 		 187 aa  256  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.509533  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2589  translation elongation factor P (EF-P)  67.2 
 
 		 188 aa  255  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.626789  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1710  elongation factor P  63.24 
 
 		 186 aa  254  6e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.820092  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1206  elongation factor P  62.7 
 
 		 211 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1652  elongation factor P  63.24 
 
 		 186 aa  251  5.000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.397183  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0158  elongation factor P  60.87 
 
 		 190 aa  241  3.9999999999999997e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3710  elongation factor P  58.82 
 
 		 189 aa  236  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0822316 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3217  elongation factor P  57.22 
 
 		 188 aa  225  3e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1958  elongation factor P  57.3 
 
 		 187 aa  223  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2980  elongation factor P  56.76 
 
 		 187 aa  221  7e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1314  elongation factor P  54.59 
 
 		 187 aa  216  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.785399  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1500  elongation factor P  52.43 
 
 		 188 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1706  elongation factor P  51.89 
 
 		 188 aa  198  3.9999999999999996e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0608317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1077  elongation factor P  45.95 
 
 		 187 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0301  translation elongation factor P (EF-P)  44.81 
 
 		 189 aa  178  4.999999999999999e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2792  elongation factor P  41.08 
 
 		 188 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0777  translation elongation factor P  45.36 
 
 		 189 aa  177  1e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.155438  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2956  elongation factor P  41.08 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1281  translation elongation factor P  46.41 
 
 		 188 aa  175  4e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3230  elongation factor P  42.16 
 
 		 188 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1643  elongation factor P  41.08 
 
 		 188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2504  elongation factor P  40 
 
 		 188 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2302  elongation factor P  41.62 
 
 		 188 aa  171  6.999999999999999e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0910613  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3005  elongation factor P  42.31 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4012  elongation factor P  40.54 
 
 		 188 aa  170  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2809  elongation factor P  39.46 
 
 		 216 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6026  elongation factor P  42.25 
 
 		 189 aa  169  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524609  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3194  elongation factor P  41.08 
 
 		 188 aa  167  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3478  elongation factor P  40.64 
 
 		 189 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0379  elongation factor P  39.46 
 
 		 188 aa  166  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.399775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2738  elongation factor P  40 
 
 		 188 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.827612 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2404  elongation factor P  39.46 
 
 		 188 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1884  elongation factor P  38.38 
 
 		 188 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0479  elongation factor P  39.46 
 
 		 188 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4128  elongation factor P  41.18 
 
 		 189 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593775  normal  0.232702 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2131  elongation factor P  39.46 
 
 		 188 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0851  translation elongation factor P  44.86 
 
 		 186 aa  160  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0977  translation elongation factor P  44.86 
 
 		 186 aa  160  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.025181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1268  translation elongation factor P  43.85 
 
 		 188 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3799  elongation factor P  39.57 
 
 		 189 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282842  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3225  elongation factor P  38.17 
 
 		 189 aa  156  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0233  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2339  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  153  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0455  elongation factor P  37.1 
 
 		 189 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.627481 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0761  elongation factor P  37.84 
 
 		 188 aa  152  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.490004  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2891  elongation factor P  40.22 
 
 		 185 aa  151  5e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.780726  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4101  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00461512  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3939  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3950  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000574802  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4421  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4217  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  151  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.691003 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4050  elongation factor P  40.76 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4307  elongation factor P  40.22 
 
 		 185 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00251  elongation factor P  39.89 
 
 		 186 aa  149  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2531  elongation factor P  36.36 
 
 		 189 aa  149  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0196  translation elongation factor P  41.94 
 
 		 191 aa  149  2e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101901  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  39.89 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4270  elongation factor P  40.22 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4327  elongation factor P  40.22 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0927  elongation factor P  39.67 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1618  translation elongation factor P (EF-P)  39.13 
 
 		 186 aa  148  4e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000274122  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1538  elongation factor P  39.67 
 
 		 185 aa  146  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.112402 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1660  translation elongation factor P  42.08 
 
 		 186 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1093  elongation factor P  37.5 
 
 		 185 aa  145  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0673  translation elongation factor P  42.31 
 
 		 192 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3606  translation elongation factor P (EF-P)  38.04 
 
 		 186 aa  144  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.169587 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00251  elongation factor P  38.25 
 
 		 186 aa  143  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0679  translation elongation factor P  39.34 
 
 		 185 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0708926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0748  elongation factor P  38.5 
 
 		 189 aa  142  2e-33  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.305929  hitchhiker  0.000261541 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1042  translation elongation factor P  36.41 
 
 		 190 aa  142  3e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000205263  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1313  elongation factor P  36.07 
 
 		 185 aa  142  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1655  elongation factor P  40 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668126 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00251  elongation factor P  37.7 
 
 		 186 aa  142  4e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.202091  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0664  translation elongation factor P  38.8 
 
 		 185 aa  141  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0468  elongation factor P  38.59 
 
 		 185 aa  141  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0449395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1795  translation elongation factor P  35.33 
 
 		 185 aa  141  7e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1953  elongation factor P  41.11 
 
 		 185 aa  141  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000000145103  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0968  translation elongation factor P  38.59 
 
 		 187 aa  140  9e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2089  elongation factor P  38.25 
 
 		 185 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1803  elongation factor P  38.25 
 
 		 185 aa  140  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2026  translation elongation factor P  40.76 
 
 		 184 aa  139  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0568495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0026  elongation factor P  37.16 
 
 		 186 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1581  elongation factor P  35.56 
 
 		 185 aa  139  3e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000212505  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0810  translation elongation factor P  38.8 
 
 		 185 aa  139  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06150  translation elongation factor P  34.78 
 
 		 186 aa  138  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00301  elongation factor P  38.8 
 
 		 186 aa  137  6e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5084  elongation factor P  37.16 
 
 		 185 aa  137  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1620  elongation factor P  35.33 
 
 		 185 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000025141  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1587  elongation factor P  35.33 
 
 		 185 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00812845  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0029  elongation factor P  38.8 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4276  translation elongation factor P  38.12 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0449484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2565  elongation factor P  37.16 
 
 		 185 aa  136  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.870653  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>