More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3478 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3478  elongation factor P  100 
 
 		 189 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.619484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6026  elongation factor P  84.66 
 
 		 189 aa  338  4e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524609  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4128  elongation factor P  84.13 
 
 		 189 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593775  normal  0.232702 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3799  elongation factor P  84.66 
 
 		 189 aa  333  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.282842  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0379  elongation factor P  79.79 
 
 		 188 aa  315  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.399775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1884  elongation factor P  78.72 
 
 		 188 aa  314  5e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2738  elongation factor P  76.6 
 
 		 188 aa  308  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.827612 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2531  elongation factor P  77.25 
 
 		 189 aa  307  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3194  elongation factor P  76.06 
 
 		 188 aa  306  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0761  elongation factor P  77.66 
 
 		 188 aa  303  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.490004  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3230  elongation factor P  73.94 
 
 		 188 aa  302  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.444474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3005  elongation factor P  73.66 
 
 		 186 aa  299  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.150691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2404  elongation factor P  72.87 
 
 		 188 aa  291  4e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.474133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0479  elongation factor P  72.87 
 
 		 188 aa  290  8e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2131  elongation factor P  72.87 
 
 		 188 aa  290  8e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2956  elongation factor P  70.21 
 
 		 188 aa  289  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1643  elongation factor P  71.81 
 
 		 188 aa  286  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.666832 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2504  elongation factor P  70.21 
 
 		 188 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.485445 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2792  elongation factor P  69.68 
 
 		 188 aa  284  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.113127  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2302  elongation factor P  70.21 
 
 		 188 aa  284  5.999999999999999e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0910613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4012  elongation factor P  69.15 
 
 		 188 aa  283  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3225  elongation factor P  69.84 
 
 		 189 aa  281  6.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2809  elongation factor P  68.09 
 
 		 216 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0455  elongation factor P  67.2 
 
 		 189 aa  276  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.627481 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1655  elongation factor P  68.45 
 
 		 207 aa  252  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668126 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1500  elongation factor P  49.73 
 
 		 188 aa  194  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1706  elongation factor P  49.73 
 
 		 188 aa  190  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0608317  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2102  elongation factor P  46.77 
 
 		 187 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0533599  hitchhiker  0.00367804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3184  elongation factor P  45.7 
 
 		 187 aa  185  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.509533  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1710  elongation factor P  46.24 
 
 		 186 aa  184  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.820092  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2589  translation elongation factor P (EF-P)  45.99 
 
 		 188 aa  183  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.626789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1206  elongation factor P  45.99 
 
 		 211 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.593204  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0158  elongation factor P  42.02 
 
 		 190 aa  181  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1652  elongation factor P  45.7 
 
 		 186 aa  181  8.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.397183  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1077  elongation factor P  44.39 
 
 		 187 aa  179  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.212963  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3710  elongation factor P  44.15 
 
 		 189 aa  176  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0822316 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1958  elongation factor P  43.32 
 
 		 187 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3217  elongation factor P  42.25 
 
 		 188 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2980  elongation factor P  42.47 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2094  elongation factor P  41.18 
 
 		 213 aa  169  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3254  elongation factor P  40.64 
 
 		 187 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.310404  normal  0.360922 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1987  elongation factor P  40.64 
 
 		 187 aa  166  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1314  elongation factor P  40.32 
 
 		 187 aa  165  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.785399  normal  0.461526 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2021  elongation factor P  39.78 
 
 		 187 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1268  translation elongation factor P  41.71 
 
 		 188 aa  157  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1891  elongation factor P  37.63 
 
 		 187 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.271867  normal  0.405804 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0248  elongation factor P  37.63 
 
 		 187 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.72476  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2743  elongation factor P  35.83 
 
 		 187 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.481823 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0777  translation elongation factor P  40.76 
 
 		 189 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.155438  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0851  translation elongation factor P  37.63 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0977  translation elongation factor P  37.63 
 
 		 186 aa  144  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.025181 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0301  translation elongation factor P (EF-P)  39.13 
 
 		 189 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1281  translation elongation factor P  36.96 
 
 		 188 aa  143  1e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0196  translation elongation factor P  36.9 
 
 		 191 aa  139  1.9999999999999998e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101901  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1538  elongation factor P  37.5 
 
 		 185 aa  135  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.112402 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1705  translation elongation factor P  34.78 
 
 		 187 aa  135  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215577  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0077  elongation factor P  34.76 
 
 		 190 aa  135  5e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000164055 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  34.97 
 
 		 185 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0719  elongation factor P  37.23 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1037  elongation factor P  36.36 
 
 		 185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.429569  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3672  elongation factor P  37.23 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2270  elongation factor P  35.52 
 
 		 187 aa  133  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.155082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3818  elongation factor P  37.23 
 
 		 188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.145028  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4695  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0376  elongation factor P  35.11 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4604  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.724396  normal  0.715091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4731  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4612  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4752  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.69408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04017  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3845  translation elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5663  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.140312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4616  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23769 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03979  hypothetical protein  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4389  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3865  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.334824 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4704  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4677  elongation factor P  36.7 
 
 		 188 aa  131  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1581  elongation factor P  37.97 
 
 		 185 aa  131  7.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000212505  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0082  elongation factor P  34.78 
 
 		 188 aa  130  7.999999999999999e-30  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1052  translation elongation factor P  36.67 
 
 		 185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000883108  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3009  elongation factor P  34.97 
 
 		 211 aa  129  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.144718 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2007  elongation factor P  35.56 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000960288 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1838  translation elongation factor P  33.88 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.464834  normal  0.192185 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3765  elongation factor P  35.11 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3519  elongation factor P  34.78 
 
 		 185 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  6.8476e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  35.48 
 
 		 188 aa  129  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0948  translation elongation factor P (EF-P)  33.52 
 
 		 187 aa  129  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00103286  decreased coverage  0.000108298 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1247  elongation factor P  35.2 
 
 		 189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0233  elongation factor P  36.46 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1005  translation elongation factor P  34.81 
 
 		 185 aa  129  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1051  elongation factor P  37.57 
 
 		 185 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2693  elongation factor P  34.78 
 
 		 185 aa  128  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1061  elongation factor P  37.57 
 
 		 185 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2089  elongation factor P  32.79 
 
 		 185 aa  128  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0137098  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1803  elongation factor P  32.79 
 
 		 185 aa  128  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0132  elongation factor P  34.81 
 
 		 188 aa  128  5.0000000000000004e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0664  translation elongation factor P  32.24 
 
 		 185 aa  128  6e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0576  elongation factor P  33.15 
 
 		 189 aa  127  7.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.925832  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0655  elongation factor P  33.15 
 
 		 189 aa  127  7.000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>