122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3038 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3038  transcriptional regulator protein  100 
 
 		 275 aa  560  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2588  ParB family protein  32.2 
 
 		 447 aa  94.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4529  nuclease  32 
 
 		 270 aa  89.4  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2318  MT-A70 family protein  36.28 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1278  nuclease  27.31 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2122  nuclease  27.31 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0644  ParB domain protein nuclease  31.13 
 
 		 271 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2880  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2145  parB-like partition protein  38 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1162  ParB-like nuclease domain-containing protein  37.89 
 
 		 542 aa  55.5  0.0000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1565  parB-like partition protein  34.31 
 
 		 310 aa  54.7  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0252  parB-like partition protein  31.87 
 
 		 269 aa  53.9  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4165  chromosome segregation DNA-binding protein  33.06 
 
 		 394 aa  53.5  0.000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.308582  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3389  hypothetical protein  30.36 
 
 		 296 aa  53.1  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39686  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  30.06 
 
 		 281 aa  52.8  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3750  chromosome segregation DNA-binding protein  36.26 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000000652126  unclonable  0.00000102935 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2403  parB-like partition protein  32.17 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3930  parB-like partition protein  32.52 
 
 		 438 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000021356 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1743  Spo0J-like protein  35.8 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000307914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22180  parB-like partition protein  34.75 
 
 		 314 aa  50.8  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3554  parB-like partition protein  30.77 
 
 		 281 aa  50.8  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3531  parB-like partition protein  34.23 
 
 		 307 aa  50.4  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.210868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007411  Ava_A0021  ParB family protein  31.19 
 
 		 320 aa  49.7  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  37.04 
 
 		 294 aa  49.3  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2362  ParB family protein  37.04 
 
 		 278 aa  49.3  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3588  parB-like partition protein  35.25 
 
 		 323 aa  48.9  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0656  parB-like partition protein  35.96 
 
 		 362 aa  48.1  0.0001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.235927  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0123  ParB family protein  28.95 
 
 		 328 aa  48.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  31.52 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  31.52 
 
 		 296 aa  48.5  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  34.19 
 
 		 305 aa  48.9  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1727  parB-like partition protein  37.04 
 
 		 280 aa  48.5  0.0001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2755  parB-like partition protein  35.23 
 
 		 280 aa  48.1  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23400  ParB-like partition protein  33.98 
 
 		 268 aa  48.5  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0133  chromosome segregation DNA-binding protein  37.36 
 
 		 315 aa  47.4  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  31.52 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3201  parB-like partition protein  30.84 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9383  ParB-like partition protein  35.25 
 
 		 324 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4021  parB-like partition protein  32.43 
 
 		 290 aa  47.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3193  parB-like partition protein  34.55 
 
 		 274 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0133  parB-like partition protein  31.01 
 
 		 294 aa  46.6  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3483  parB-like partition protein  34.57 
 
 		 281 aa  47  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2175  ParB family partitioning protein  40.74 
 
 		 257 aa  46.2  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.291914  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0203  parB-like partition protein  34 
 
 		 302 aa  46.6  0.0005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0831  parB-like partition protein  32.33 
 
 		 273 aa  46.2  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0219556  unclonable  0.000011796 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2334  parB-like partition protein  32.73 
 
 		 286 aa  46.2  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000401981  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5493  parB-like partition protein  31.3 
 
 		 311 aa  46.2  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.204512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  31.07 
 
 		 301 aa  46.2  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2561  chromosome partitioning protein  29.5 
 
 		 306 aa  46.2  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0012978  normal  0.245215 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0105  effector of nucleoid occlusion Noc  32.32 
 
 		 322 aa  46.2  0.0006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000144978  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0008  parB-like partition protein  28.83 
 
 		 281 aa  46.2  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2922  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.44 
 
 		 491 aa  45.8  0.0007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23510  parB-like partition protein  35.48 
 
 		 287 aa  46.2  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.107848  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2857  parB-like partition proteins  33.01 
 
 		 319 aa  45.8  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2405  parB-like partition protein  29.63 
 
 		 268 aa  45.8  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2030  parB-like partition protein  31.53 
 
 		 306 aa  45.8  0.0008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.816582  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2139  parB-like partition protein  29.92 
 
 		 367 aa  45.4  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187348 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5632  stage 0 sporulation protein J, putative  31.53 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5334  stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5162  stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5178  stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5731  stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1531  stage 0 sporulation protein J  34.95 
 
 		 281 aa  45.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.626551  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5274  parB-like partition protein  31.53 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07110  putative ParB-like chromosome partitioning protein  35.29 
 
 		 303 aa  45.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.629083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5668  putative stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2591  parB-like partition protein  35.16 
 
 		 294 aa  44.7  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.107076 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5608  putative stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.978338  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5327  putative stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000449265 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5591  putative stage 0 sporulation protein J  31.53 
 
 		 290 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383543 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0189  chromosome partitioning protein ParB  32.61 
 
 		 283 aa  45.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.807287  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0242  parB-like partition protein  29.91 
 
 		 304 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0167635 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3110  chromosome segregation DNA-binding protein  35.96 
 
 		 295 aa  44.3  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.444116  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4861  parB-like partition protein  31.72 
 
 		 314 aa  44.3  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.601525  normal  0.0966041 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1409  ParB-like partition protein  30.77 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4540  chromosome segregation DNA-binding protein  36.61 
 
 		 333 aa  44.3  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  30.53 
 
 		 288 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6071  parB-like partition proteins  37.74 
 
 		 334 aa  44.3  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164971 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0107  chromosome segregation DNA-binding protein  32.08 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00389031  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7332  parB-like partition protein  32.09 
 
 		 309 aa  44.3  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.443999 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2229  parB-like partition protein  29.82 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3965  parB-like partition protein  32.97 
 
 		 307 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3412  chromosome segregation DNA-binding protein  31.21 
 
 		 279 aa  43.9  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  33.94 
 
 		 668 aa  43.9  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3760  parB-like partition proteins  34.04 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0200998  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4053  parB-like partition proteins  30.43 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1741  Spo0J-like protein  31.53 
 
 		 293 aa  43.9  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  27.78 
 
 		 292 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3320  parB-like partition protein  29.7 
 
 		 302 aa  43.5  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4390  parB-like partition protein  28.57 
 
 		 336 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0000000297603  normal  0.71215 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4501  parB-like partition protein  37.5 
 
 		 298 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.125529 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2567  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 280 aa  43.5  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.183752  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0347  chromosome segregation DNA-binding protein  30.68 
 
 		 299 aa  43.5  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_2003  ParB-like nuclease domain-containing protein  32.18 
 
 		 255 aa  43.5  0.004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  29.84 
 
 		 292 aa  43.5  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0408  parB-like partition protein  30.11 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0649712  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0419  parB-like partition protein  30.11 
 
 		 278 aa  43.5  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.220541  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9049  parB-like partition protein  35.96 
 
 		 398 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.740864  normal  0.284166 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3520  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 303 aa  43.5  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3195  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 303 aa  43.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>