More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0202 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0202  two component response regulator  100 
 
 		 222 aa  447  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4805  two component transcriptional regulator, winged helix family  66.36 
 
 		 221 aa  277  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.744128  normal  0.758745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.39 
 
 		 221 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  52.75 
 
 		 221 aa  232  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 221 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  52.78 
 
 		 221 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  50.46 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.17 
 
 		 222 aa  202  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 220 aa  198  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  47.71 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  47.25 
 
 		 220 aa  194  7e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  45.66 
 
 		 221 aa  191  8e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.66 
 
 		 221 aa  191  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.25 
 
 		 224 aa  190  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 221 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  43.46 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.59 
 
 		 236 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  43.98 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 225 aa  180  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  42.52 
 
 		 223 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.13 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 225 aa  178  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.93 
 
 		 223 aa  178  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  41.67 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 225 aa  177  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  40.99 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.46 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.67 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1660  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 227 aa  175  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  174  8e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  40.74 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  47.2 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3875  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 224 aa  171  5.999999999999999e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000754116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.52 
 
 		 222 aa  171  9e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  40.74 
 
 		 221 aa  171  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  39.72 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0124  two component transcriptional regulator  41.2 
 
 		 221 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  39.72 
 
 		 229 aa  169  2e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4487  DNA-binding response regulator  42.47 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  39.55 
 
 		 230 aa  169  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  39.81 
 
 		 257 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0240  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000039366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3781  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.52 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3749  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.545663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3875  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000900168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3692  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0674602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.81 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0576  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 224 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00494054  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0241  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 220 aa  168  7e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000169962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0622  DNA-binding response regulator  39.45 
 
 		 224 aa  168  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0660  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000259813  hitchhiker  0.0000270487 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  37.38 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0616  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0199047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3414  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00145574  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0615  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 224 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124209  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0650  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 224 aa  166  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000000493918  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0239  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0242  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0245  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000117592 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 229 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0357  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3294  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.27 
 
 		 224 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0118223  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0239  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 219 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  43.26 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  42.79 
 
 		 223 aa  165  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0583  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 224 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0841609  normal  0.467543 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  42.33 
 
 		 221 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  38.99 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3006  response regulator receiver protein  38.53 
 
 		 224 aa  164  9e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  41.86 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3511  two component transcriptional regulator  38.81 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  39.81 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1913  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.98 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 222 aa  162  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.12 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  39.25 
 
 		 219 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.66 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  39.35 
 
 		 222 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  40.09 
 
 		 222 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  38.89 
 
 		 221 aa  160  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.63 
 
 		 222 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  39.25 
 
 		 219 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5326  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 235 aa  159  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  44.86 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  39.45 
 
 		 243 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  43.52 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  38.32 
 
 		 219 aa  159  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  42.66 
 
 		 219 aa  158  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>