More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0659 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0659  dehydroquinase class II  100 
 
 
296 aa  606  9.999999999999999e-173  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.969624  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3392  3-dehydroquinate dehydratase  49.28 
 
 
158 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2547  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.86 
 
 
142 aa  144  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.758716  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2715  3-dehydroquinate dehydratase  48.32 
 
 
151 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3174  3-dehydroquinate dehydratase  48.55 
 
 
153 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.715681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  49.32 
 
 
144 aa  143  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  47.26 
 
 
149 aa  140  3e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04381  3-dehydroquinate dehydratase  47.18 
 
 
145 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0561971  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2433  3-dehydroquinate dehydratase  48.63 
 
 
156 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0695  3-dehydroquinate dehydratase  44.52 
 
 
146 aa  139  7e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.114768  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01135  Catabolic 3-dehydroquinase (EC 4.2.1.10)(3-dehydroquinate dehydratase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P05147]  46.48 
 
 
153 aa  138  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.174731 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  46.85 
 
 
144 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000527848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  44.83 
 
 
148 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  44.14 
 
 
148 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  48.61 
 
 
150 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2190  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.59 
 
 
150 aa  137  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.369696  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  44.22 
 
 
152 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1242  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.37 
 
 
145 aa  135  8e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1751  3-dehydroquinate dehydratase  45.58 
 
 
156 aa  135  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0911231  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  47.48 
 
 
153 aa  135  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  44.22 
 
 
149 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3018  3-dehydroquinate dehydratase  47.26 
 
 
151 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2867  3-dehydroquinate dehydratase  48.3 
 
 
151 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  47.83 
 
 
146 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  44.22 
 
 
152 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0695  3-dehydroquinate dehydratase  44.44 
 
 
144 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0103169  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1721  3-dehydroquinate dehydratase  47.22 
 
 
145 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1474  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.83 
 
 
152 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00136549  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2187  3-dehydroquinate dehydratase  47.62 
 
 
156 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  44.29 
 
 
149 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  49.24 
 
 
145 aa  133  3e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2022  3-dehydroquinate dehydratase  46.9 
 
 
150 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21280  3-dehydroquinate dehydratase  46.21 
 
 
150 aa  131  1.0000000000000001e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.775201  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0668  3-dehydroquinate dehydratase  45.95 
 
 
156 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2531  3-dehydroquinate dehydratase  46.32 
 
 
145 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0088  3-dehydroquinate dehydratase  44.59 
 
 
161 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1505  3-dehydroquinate dehydratase  46.38 
 
 
159 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04071  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
147 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  44.52 
 
 
149 aa  130  3e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  43.06 
 
 
145 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  44.68 
 
 
153 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  44.68 
 
 
153 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  47.86 
 
 
151 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002198  3-dehydroquinate dehydratase II  44.83 
 
 
149 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0180031  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3121  3-dehydroquinate dehydratase, type II  48.53 
 
 
149 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00170  3-dehydroquinate dehydratase  44.83 
 
 
179 aa  129  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.2 
 
 
142 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4214  3-dehydroquinate dehydratase  44.44 
 
 
163 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392467  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  44.68 
 
 
150 aa  129  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2893  3-dehydroquinate dehydratase  45.19 
 
 
146 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0307948  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2834  3-dehydroquinate dehydratase  44.44 
 
 
149 aa  129  8.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0506337  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3469  3-dehydroquinate dehydratase, type II  45.07 
 
 
152 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.411498 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04381  3-dehydroquinate dehydratase  40.41 
 
 
147 aa  128  9.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.97 
 
 
184 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2377  3-dehydroquinate dehydratase  46 
 
 
149 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0575  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
150 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000460325 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2778  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
150 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.692707  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3464  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2500  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.263847  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0925  3-dehydroquinate dehydratase  42.36 
 
 
146 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3499  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.22 
 
 
145 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3502  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.248237  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3284  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1280  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03924  3-dehydroquinate dehydratase (3-dehydroquinase) (Type II DHQase)  45.52 
 
 
146 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.252405  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0123  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  46.15 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0532  3-dehydroquinate dehydratase  45.26 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.68766  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1267  3-dehydroquinate dehydratase  45.32 
 
 
146 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0717044  hitchhiker  0.00235053 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0508  3-dehydroquinate dehydratase  45.26 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0606  3-dehydroquinate dehydratase  45.99 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2690  3-dehydroquinate dehydratase  44.14 
 
 
150 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000775969  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0421  3-dehydroquinate dehydratase  46.04 
 
 
207 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  45.03 
 
 
150 aa  127  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1784  3-dehydroquinate dehydratase  46.48 
 
 
147 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.851396 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1211  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.2 
 
 
155 aa  126  4.0000000000000003e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4272  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38070  3-dehydroquinate dehydratase  45.19 
 
 
147 aa  126  4.0000000000000003e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.633165  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4103  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3941  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3952  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.405359  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4329  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4423  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  47.26 
 
 
149 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0364  3-dehydroquinate dehydratase  46.67 
 
 
159 aa  126  4.0000000000000003e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0718569  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4309  3-dehydroquinate dehydratase  42.66 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3022  3-dehydroquinate dehydratase  45.32 
 
 
147 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00285164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4568  3-dehydroquinate dehydratase  44.83 
 
 
151 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4219  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3376  3-dehydroquinate dehydratase  44.6 
 
 
147 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1164  3-dehydroquinate dehydratase  44.6 
 
 
207 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3425  3-dehydroquinate dehydratase  43.45 
 
 
151 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.112625  normal  0.0823 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0063  3-dehydroquinate dehydratase  47.41 
 
 
159 aa  125  6e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0768  3-dehydroquinate dehydratase  45.14 
 
 
167 aa  125  6e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000317323  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0104  3-dehydroquinate dehydratase  47.41 
 
 
159 aa  125  6e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4052  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 
146 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  46.43 
 
 
151 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  46.43 
 
 
151 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  46.43 
 
 
151 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0222066 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>