More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0872 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0872  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 525 aa  1040    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.419255  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0439  amino acid permease-associated region  54.09 
 
 		 527 aa  491  1e-137  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.536998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  25.9 
 
 		 449 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  26.1 
 
 		 449 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  24.79 
 
 		 442 aa  89  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  24.39 
 
 		 449 aa  89  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  24.94 
 
 		 468 aa  84.3  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  27.34 
 
 		 464 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1963  amino acid permease-associated region  25.25 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.281005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  26.84 
 
 		 464 aa  77.4  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  27.81 
 
 		 463 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7480  amino acid permease-associated region  26.87 
 
 		 454 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  26.36 
 
 		 440 aa  75.5  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2628  amino acid permease-associated region  24.66 
 
 		 453 aa  74.7  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0615557  normal  0.778378 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  24.67 
 
 		 465 aa  74.3  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3016  amino acid transporter  25.22 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0154714 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  27.01 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  23.18 
 
 		 473 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  23.18 
 
 		 473 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819384 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06077  cationic amino acid transporter  24.17 
 
 		 486 aa  72.4  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00275694  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  26.48 
 
 		 462 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  26.48 
 
 		 462 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00850  cationic amino acid transporter  24.17 
 
 		 486 aa  72.4  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000549978  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  26.48 
 
 		 462 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  23.84 
 
 		 454 aa  71.2  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6959  amino acid permease-associated region  23.18 
 
 		 473 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  28.82 
 
 		 460 aa  69.7  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2212  amino acid permease-associated region  22.93 
 
 		 453 aa  69.3  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2749  amino acid permease-associated region  25.62 
 
 		 481 aa  68.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.557083  normal  0.633141 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00777  putative cationic amino acid transport protein  23.06 
 
 		 435 aa  68.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  27.87 
 
 		 490 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2042  phospholipid binding protein  23.55 
 
 		 525 aa  67.8  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  26.52 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4360  amino acid permease-associated region  28.39 
 
 		 686 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120164  normal  0.0594951 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0535  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 443 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2384  amino acid permease-associated region  25.49 
 
 		 518 aa  66.2  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.402999 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1785  amino acid permease-associated region  22.69 
 
 		 491 aa  66.6  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  23.72 
 
 		 441 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  24.34 
 
 		 446 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2013  amino acid permease-associated region  27.43 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0943155  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  24.34 
 
 		 446 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1826  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 436 aa  65.9  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1109  amino acid permease-associated region  21.38 
 
 		 538 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.332112  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  24.34 
 
 		 446 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  27.41 
 
 		 463 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0530  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 443 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3809  amino acid permease-associated region  22.82 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  24.47 
 
 		 501 aa  64.7  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  23.95 
 
 		 464 aa  64.7  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4174  amino acid permease-associated region  27.09 
 
 		 478 aa  64.7  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  0.28467 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0046  amino acid permease-associated region  22.69 
 
 		 481 aa  63.9  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  24.82 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  25.49 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  24.55 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2967  amino acid permease-associated region  24.02 
 
 		 466 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.799342  normal  0.23719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2192  amino acid permease  23.87 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7711  amino acid permease-associated region  27.7 
 
 		 482 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2293  amino acid permease  23.87 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.05629 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1341  amino acid permease-associated region  23.35 
 
 		 496 aa  63.2  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2295  amino acid permease  23.87 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0751676 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2246  amino acid permease  23.87 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1408  cationic amino acid transporter  23.83 
 
 		 483 aa  63.2  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0734654  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1162  amino acid permease-associated region  24.47 
 
 		 518 aa  63.2  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.352905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2405  amino acid permease  23.87 
 
 		 452 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0506799 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1731  amino acid permease-associated region  25.52 
 
 		 509 aa  63.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  decreased coverage  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3215  amino acid permease-associated region  21.72 
 
 		 455 aa  63.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.52961  normal  0.0246251 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0587  amino acid permease-associated region  23.04 
 
 		 443 aa  63.5  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2314  amino acid permease-associated region  23.98 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  29.45 
 
 		 475 aa  62  0.00000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0509  amino acid permease-associated region  22.6 
 
 		 443 aa  62  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  24.13 
 
 		 468 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  24.18 
 
 		 468 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  25.22 
 
 		 476 aa  62  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  24.13 
 
 		 468 aa  62  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3641  amino acid permease-associated region  24.56 
 
 		 513 aa  61.2  0.00000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1747  amino acid permease-associated region  24.33 
 
 		 510 aa  61.2  0.00000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.318843 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3101  amino acid permease-associated region  23.67 
 
 		 466 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0336  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 433 aa  61.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.733586 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01917  predicted amino-acid transporter  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1643  amino acid permease-associated region  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.121061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01903  hypothetical protein  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  24.09 
 
 		 468 aa  61.2  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1218  amino acid permease  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16590  amino acid transporter  24.79 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  23.77 
 
 		 460 aa  61.2  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2947  amino acid permease  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.685998  hitchhiker  0.000000000177755 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1626  amino acid permease-associated region  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2152  amino acid permease  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1045  amino acid permease  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0835245 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2305  amino acid permease  23.42 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1760  amino acid permease-associated region  23.11 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  23.27 
 
 		 470 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2033  amino acid permease-associated region  23.06 
 
 		 459 aa  60.5  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1416  amino acid permease-associated region  23.23 
 
 		 486 aa  60.5  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0242  amino acid permease  23.67 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557003  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0424  amino acid permease  23.67 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386355  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1879  amino acid permease-associated region  32.86 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.233491  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0230  amino acid permease  23.67 
 
 		 467 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.145417  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1639  amino acid permease-associated region  23.67 
 
 		 446 aa  60.5  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00236467  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  24.32 
 
 		 450 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>