More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2009 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1897  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  618  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0436968  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2009  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  618  1e-176  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2238  AraC family transcriptional regulator  55.15 
 
 		 297 aa  343  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 288 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  34.7 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  34.7 
 
 		 288 aa  152  8.999999999999999e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 289 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 295 aa  149  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 293 aa  148  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  142  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  32.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0597  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2755  transcriptional regulator, AraC family  30.85 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2466  transcriptional regulator, AraC family  43.38 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1523  AraC family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 152 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00364512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0268  putative HTH-type transcriptional regulator YkgA  37.25 
 
 		 163 aa  115  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00261  hypothetical protein  36.6 
 
 		 219 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0352  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.203769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0313  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00257  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.6 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3303  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.401511  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3321  AraC family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0332  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4021  AraC family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 288 aa  108  7.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.185045  normal  0.0217611 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1624  DNA-binding transcriptional activator MarA  46.09 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.936948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1691  DNA-binding transcriptional activator MarA  46.09 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1816  DNA-binding transcriptional activator MarA  46.09 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1632  DNA-binding transcriptional activator MarA  46.09 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.599726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1651  DNA-binding transcriptional activator MarA  46.09 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00571718  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01490  DNA-binding transcriptional dual activator of multiple antibiotic resistance  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2115  transcriptional regulator, AraC family  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000178307  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1639  DNA-binding transcriptional activator MarA  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1733  DNA-binding transcriptional activator MarA  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1674  DNA-binding transcriptional activator MarA  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2145  DNA-binding transcriptional activator MarA  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01501  hypothetical protein  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0218777  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2127  DNA-binding transcriptional activator MarA  47.62 
 
 		 127 aa  105  6e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.299134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3482  AraC family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 140 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1997  DNA-binding transcriptional activator MarA  48.08 
 
 		 127 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0707519 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1931  AraC family transcriptional regulator  49 
 
 		 118 aa  103  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0129269  hitchhiker  0.0018191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0266  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  49.02 
 
 		 108 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1890  AraC family transcriptional regulator  46 
 
 		 120 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.520011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1794  putative regulatory protein  39.42 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.227844  normal  0.117823 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1480  putative regulatory protein  39.42 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1796  putative regulatory protein  39.42 
 
 		 283 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.259376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1661  putative regulatory protein  38.85 
 
 		 283 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0701683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4516  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.47 
 
 		 107 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4660  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.47 
 
 		 107 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.47 
 
 		 107 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4609  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.47 
 
 		 107 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.917171  normal  0.375209 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4610  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  47.47 
 
 		 107 aa  98.6  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0547666  normal  0.902957 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03934  DNA-binding transcriptional dual regulator  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0326041  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3930  transcriptional regulator, AraC family  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4615  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4580  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03894  hypothetical protein  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0334168  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3965  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.105984 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5565  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.601347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4304  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4524  DNA-binding transcriptional regulator SoxS  46.46 
 
 		 107 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0739  transposon Tn10 TetD protein  45.1 
 
 		 113 aa  96.7  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0027  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0620  transposon Tn10 TetD protein  44.12 
 
 		 113 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0677  transposon Tn10 TetD protein  44.12 
 
 		 113 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1078  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 113 aa  93.2  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.531138 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0634  transposon Tn10 TetD protein  43.14 
 
 		 113 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0693  transposon Tn10 TetD protein  43.14 
 
 		 113 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.808673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2387  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 128 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000368739  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2484  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 128 aa  90.5  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151206  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2833  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 128 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.360969  hitchhiker  0.00326998 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1683  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 221 aa  86.3  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  26.14 
 
 		 279 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  39.39 
 
 		 302 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>