More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0734 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  635    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
307 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.05 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.18 
 
 
300 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.61 
 
 
314 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
295 aa  195  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
300 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
302 aa  195  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
300 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 
292 aa  192  6e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
294 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
296 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
296 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
296 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
302 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
288 aa  188  8e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
301 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 
288 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
300 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.93 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.31 
 
 
293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.13 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 
294 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
292 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
290 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  41.44 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
293 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
293 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
293 aa  179  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 
294 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.62 
 
 
305 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
291 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.93 
 
 
303 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.05 
 
 
294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  40.89 
 
 
296 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
301 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 
311 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
315 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 
316 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
317 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 
294 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 
294 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
321 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.7 
 
 
294 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
321 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.64 
 
 
303 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
291 aa  175  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
295 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
318 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
311 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.07 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 
321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 
295 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
310 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.24 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.33 
 
 
303 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  38.13 
 
 
308 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
303 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
297 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
303 aa  169  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
310 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  169  6e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
285 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.9 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
297 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
290 aa  166  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
317 aa  166  4e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
300 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.91 
 
 
312 aa  165  9e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 
323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 
287 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4301  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 
290 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.17 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
305 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>