More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2605 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  100 
 
 		 314 aa  632  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  68.21 
 
 		 307 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  66.56 
 
 		 304 aa  401  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  65.55 
 
 		 305 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  58.7 
 
 		 303 aa  343  2.9999999999999997e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  58.31 
 
 		 302 aa  330  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  54.67 
 
 		 302 aa  310  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  54.24 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  53.55 
 
 		 310 aa  299  4e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  52.08 
 
 		 300 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  54.61 
 
 		 275 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  51.38 
 
 		 292 aa  281  9e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  48.67 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  49.48 
 
 		 293 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  50.54 
 
 		 296 aa  265  7e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.86 
 
 		 301 aa  263  4e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  47.46 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  51.6 
 
 		 294 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  51.6 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  47.18 
 
 		 303 aa  249  3e-65  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  51.43 
 
 		 294 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  48.01 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  44.83 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  44.59 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  42.07 
 
 		 293 aa  231  1e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  44.22 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 293 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  41.87 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  40.65 
 
 		 314 aa  222  6e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  40 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  44.81 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 326 aa  218  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  39.37 
 
 		 305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  39.02 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 305 aa  211  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  37.12 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  52.97 
 
 		 206 aa  208  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 286 aa  207  2e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  43.05 
 
 		 285 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  39.79 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 308 aa  206  5e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  38.31 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  42.2 
 
 		 362 aa  205  8e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  40 
 
 		 348 aa  203  2e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  38.14 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 317 aa  198  9e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 312 aa  193  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  37.33 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  44.12 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 312 aa  186  6e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  37.7 
 
 		 304 aa  185  8e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 287 aa  181  2e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  38.62 
 
 		 254 aa  155  8e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.89 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  36.69 
 
 		 316 aa  139  8.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  28.98 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  29.84 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  29.44 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  28.85 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  30.25 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0261  pseudouridine synthase  25.9 
 
 		 336 aa  90.9  2e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000139633  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  28.68 
 
 		 338 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  28.71 
 
 		 376 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  29.09 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  30.14 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  28.94 
 
 		 350 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  29.15 
 
 		 369 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  29.27 
 
 		 541 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  29.41 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  29.22 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.22 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  31.53 
 
 		 336 aa  79  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.83 
 
 		 324 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  30.25 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.78 
 
 		 325 aa  79  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  28.31 
 
 		 306 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  27.85 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  28.08 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_61490  DRAP deaminase and pseudouridylate synthase  27.72 
 
 		 425 aa  78.6  0.0000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  32.58 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  29.55 
 
 		 320 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.56 
 
 		 211 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  29.9 
 
 		 238 aa  77.8  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.67 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 227 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  30.95 
 
 		 225 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  29.22 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  27.03 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  33.82 
 
 		 325 aa  77.4  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.18 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  28.77 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.57 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>