More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2084 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  644    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  69.43 
 
 		 320 aa  427  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  65.82 
 
 		 324 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  65.51 
 
 		 324 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  65.62 
 
 		 310 aa  403  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 316 aa  391  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 310 aa  348  7e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  56.65 
 
 		 308 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  48.73 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  54.09 
 
 		 306 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  53.5 
 
 		 313 aa  291  8e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  52.81 
 
 		 317 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  55.66 
 
 		 308 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  48.42 
 
 		 308 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 316 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 316 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 312 aa  182  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.28 
 
 		 307 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.13 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.77 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40.23 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 320 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  38.13 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.52 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  38.13 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  38.13 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  37.58 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.74 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  34.3 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.74 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  37.74 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 316 aa  143  5e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  30.65 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 341 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.46 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 339 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  33.1 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  34.6 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  122  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 315 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 328 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 336 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.27 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.06 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.06 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.68 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>