More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1717 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  647    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  59.67 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  55.99 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  55.99 
 
 		 308 aa  354  1e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 318 aa  322  6e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  53.38 
 
 		 307 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 307 aa  299  4e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 303 aa  292  6e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 319 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 312 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 304 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  36.81 
 
 		 298 aa  205  8e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 329 aa  195  6e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2885  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  193  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0745668  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 314 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 296 aa  189  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 327 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0902  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.06 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  36.11 
 
 		 308 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  35.54 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  39.84 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  35.19 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  179  8e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4548  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 295 aa  176  5e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456524 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  34.49 
 
 		 314 aa  176  6e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 290 aa  176  6e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  175  8e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  34.49 
 
 		 319 aa  175  8e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.76 
 
 		 292 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0630  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000148774  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  30 
 
 		 291 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  34.38 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  39.54 
 
 		 325 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  168  9e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  33.8 
 
 		 322 aa  168  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  32.4 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.79 
 
 		 331 aa  166  2.9999999999999998e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.6 
 
 		 286 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.68 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3233  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363202 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  37.98 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>