More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1465 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1465  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
327 aa  643    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0918  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.27 
 
 
328 aa  388  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.98 
 
 
329 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2878  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.59 
 
 
329 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5925  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.49 
 
 
335 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.777528 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1731  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.75 
 
 
325 aa  363  2e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.271833  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7042  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.45 
 
 
321 aa  343  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0827944  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0983  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.91 
 
 
332 aa  338  5.9999999999999996e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00638264  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.77 
 
 
319 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.343118  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0392  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50.62 
 
 
328 aa  299  5e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.589505  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2744  ribose-phosphate pyrophosphokinase family protein  50.32 
 
 
319 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11994  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3009  ribose-phosphate pyrophosphokinase  50 
 
 
319 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46210  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.56 
 
 
326 aa  285  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3606  hypothetical protein  45.06 
 
 
347 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0813853  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.81 
 
 
314 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.69 
 
 
316 aa  232  6e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.19 
 
 
316 aa  228  7e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.19 
 
 
316 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.58 
 
 
314 aa  225  8e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.49 
 
 
313 aa  225  9e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2595  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.2 
 
 
314 aa  222  8e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00599255  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4394  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.86 
 
 
312 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0737  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.86 
 
 
312 aa  220  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4488  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.03 
 
 
312 aa  220  3e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  41.8 
 
 
312 aa  219  7e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0121  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.18 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.917582  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.18 
 
 
327 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0126613  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0128  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.18 
 
 
321 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0139  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.18 
 
 
321 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.79 
 
 
314 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.25 
 
 
310 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.31 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0587  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.37 
 
 
316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000361912  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0125  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.12 
 
 
321 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0779969  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1439  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.58 
 
 
325 aa  211  1e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1292  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.46 
 
 
316 aa  211  2e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.2 
 
 
318 aa  209  6e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.613331  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.77 
 
 
340 aa  208  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0702588  normal  0.550971 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.64 
 
 
313 aa  207  2e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0985  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.74 
 
 
331 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.107036  normal  0.0501032 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.12 
 
 
325 aa  205  7e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  42.19 
 
 
314 aa  205  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0640  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.62 
 
 
318 aa  205  1e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00660234  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0969  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.95 
 
 
329 aa  204  2e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.84 
 
 
314 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  36.92 
 
 
327 aa  204  2e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.3 
 
 
309 aa  204  2e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.06 
 
 
317 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0589  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.99 
 
 
316 aa  203  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.15 
 
 
323 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.2 
 
 
323 aa  202  4e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0307  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.68 
 
 
309 aa  202  4e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.918252  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2570  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.46 
 
 
315 aa  202  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00338227  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0061  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.47 
 
 
322 aa  202  5e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0325861  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.24 
 
 
319 aa  202  6e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00246187 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  38.08 
 
 
313 aa  202  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.01 
 
 
310 aa  202  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.42 
 
 
315 aa  202  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34307  Ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.36 
 
 
323 aa  202  7e-51  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.362239  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.23 
 
 
317 aa  202  8e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0206  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.04 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981625  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.42 
 
 
329 aa  201  9.999999999999999e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1208  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.91 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.511397 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.43 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2097  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.84 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.88 
 
 
316 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0609  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.15 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.35 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.83 
 
 
323 aa  200  3e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2118  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.23 
 
 
322 aa  200  3e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000456755  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.12 
 
 
321 aa  200  3e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0069  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.46 
 
 
318 aa  200  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.829297  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2207  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.54 
 
 
322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0575408  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.2 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.413607  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.19 
 
 
311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  35.51 
 
 
308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.98129  normal  0.818637 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1256  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.36 
 
 
311 aa  199  5e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1467  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.38 
 
 
312 aa  199  5e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000329774  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2812  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.5 
 
 
319 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004207  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.65 
 
 
314 aa  199  6e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000977539  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0076  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.2 
 
 
322 aa  199  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2341  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.46 
 
 
315 aa  199  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0786  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.46 
 
 
332 aa  199  7e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000113332  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1446  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.5 
 
 
309 aa  199  7e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0807513  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2916  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.15 
 
 
324 aa  199  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000010971  normal  0.440092 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  39.69 
 
 
311 aa  199  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.99 
 
 
310 aa  198  9e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.5 
 
 
319 aa  198  9e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.99 
 
 
310 aa  198  9e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1760  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.65 
 
 
314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000290937  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.31 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0895  ribose-phosphate pyrophosphokinase  40.26 
 
 
331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0441838  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.07 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000509786  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.31 
 
 
340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1492  ribose-phosphate pyrophosphokinase  34.48 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1371  ribose-phosphate pyrophosphokinase  37.15 
 
 
315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000127042  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0043  ribose-phosphate pyrophosphokinase  38.48 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.270111  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3130  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.62 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268526  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3689  ribose-phosphate pyrophosphokinase  36.53 
 
 
324 aa  197  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00564575  normal  0.505374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  41.38 
 
 
314 aa  197  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>