More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1041 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  100 
 
 		 318 aa  644    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  56.45 
 
 		 287 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  55.09 
 
 		 318 aa  319  5e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  55.32 
 
 		 318 aa  318  1e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  55.32 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  49.52 
 
 		 318 aa  289  5.0000000000000004e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  48.3 
 
 		 312 aa  289  5.0000000000000004e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  48.76 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1030  beta-lactamase domain protein  48.81 
 
 		 312 aa  242  7.999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.932178  normal  0.324338 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  44.71 
 
 		 332 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  31.29 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  39.52 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  30.71 
 
 		 438 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  34.15 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  33.13 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_003296  RS01746  hypothetical protein  33.48 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  33.11 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  32.47 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0080  beta-lactamase domain protein  31.65 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  32.48 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  31.76 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  28.51 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  28.62 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  34.25 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  34.25 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  30.11 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4160  SoxH protein-like  31.43 
 
 		 312 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671969  normal  0.539982 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  35.97 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  31.86 
 
 		 364 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  32.2 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  29.96 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4660  beta-lactamase domain protein  31.63 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.413221  normal  0.152436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  35.32 
 
 		 342 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4528  beta-lactamase domain protein  31.63 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256187  normal  0.560628 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0580  beta-lactamase domain-containing protein  33.64 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  32.75 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  31.65 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  28.44 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  34.8 
 
 		 351 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  31.08 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  31.33 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00000219811  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3721  beta-lactamase domain-containing protein  30.93 
 
 		 339 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.383554 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  31.65 
 
 		 339 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  28.25 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  31.33 
 
 		 319 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  32.16 
 
 		 336 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  32.16 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  32.16 
 
 		 319 aa  105  8e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  35.38 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  29.22 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  29.39 
 
 		 349 aa  103  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  31.99 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  30.08 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  31.8 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  30.9 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  29.61 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  28.04 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2060  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2684  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3178  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3232  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3217  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1925  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0966006  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0852  metallo-beta-lactamase family protein  31.06 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  29.19 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0666  beta-lactamase-like  31.17 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257894  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  34.91 
 
 		 264 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10957  bifunctional 2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase/cyclase/dehydrase  30.94 
 
 		 644 aa  101  2e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.761321 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  31.83 
 
 		 325 aa  99.8  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  30.88 
 
 		 315 aa  99.8  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6284  beta-lactamase domain-containing protein  34.16 
 
 		 312 aa  99  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0941559  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0472  hydrolase, putative  31.14 
 
 		 298 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  31.44 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  31.6 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  32.06 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1776  beta-lactamase domain-containing protein  28.62 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0326  beta-lactamase domain protein  28.3 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.315816  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4551  beta-lactamase domain-containing protein  31.02 
 
 		 332 aa  97.1  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4534  beta-lactamase-like  30.67 
 
 		 319 aa  96.7  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000147099  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  27.55 
 
 		 342 aa  96.3  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  29.38 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1735  beta-lactamase domain protein  28.3 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.593356  normal  0.313323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1017  beta-lactamase-like  29.58 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2112  beta-lactamase domain protein  27.99 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0849  beta-lactamase domain protein  27 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0185105  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1824  beta-lactamase domain-containing protein  31.29 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00672926 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1880  Beta-lactamase-like  24.83 
 
 		 367 aa  94.4  2e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000360179  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2056  Beta-lactamase-like  26.56 
 
 		 340 aa  93.6  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000527783  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  26.69 
 
 		 352 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5154  beta-lactamase domain protein  29.86 
 
 		 317 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4299  beta-lactamase domain-containing protein  31.22 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  32.71 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0244  beta-lactamase domain protein  28.43 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0816903 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0922  beta-lactamase-like  29.77 
 
 		 318 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  27.96 
 
 		 318 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9074  2-keto-4-pentenoate hydratase/2-oxohepta-3-ene-1 7-dioic acid hydratase (catechol pathway)-like protein  30.4 
 
 		 637 aa  92  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  32.8 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0292  beta-lactamase domain protein  29.22 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0906  Beta-lactamase-like  28.91 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  32 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>