More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1509 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1509  response regulator receiver protein  100 
 
 		 137 aa  272  1.0000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1406  response regulator receiver protein  60.5 
 
 		 121 aa  147  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0894387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1472  response regulator receiver protein  58.82 
 
 		 122 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1805  response regulator receiver protein  56.3 
 
 		 122 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.422276 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0171  response regulator receiver protein  56.3 
 
 		 122 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2695  response regulator receiver domain-containing protein  50.83 
 
 		 186 aa  126  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00269866  normal  0.78823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0603  two component transcriptional regulator  39.69 
 
 		 233 aa  102  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0519325  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  39.2 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0669  response regulator receiver protein  41.18 
 
 		 123 aa  102  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1786  response regulator receiver protein  47.83 
 
 		 120 aa  102  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00311899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4050  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.99 
 
 		 227 aa  103  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00552008  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2649  response regulator receiver protein  44.63 
 
 		 122 aa  101  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.857048  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0018  two component transcriptional regulator  38.69 
 
 		 233 aa  100  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.70243  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0018  response regulator receiver  38.69 
 
 		 233 aa  100  8e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2534  DNA-binding response regulator YycF  38.93 
 
 		 233 aa  100  9e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2487  two component transcriptional regulator  41.54 
 
 		 224 aa  98.2  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.431556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  38.93 
 
 		 226 aa  98.2  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2290  two component transcriptional regulator  42.19 
 
 		 224 aa  97.8  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  37.04 
 
 		 235 aa  97.8  5e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2472  response regulator receiver protein  42.24 
 
 		 216 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  39.83 
 
 		 236 aa  97.4  6e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08590  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  41.74 
 
 		 239 aa  97.1  8e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.857083 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1441  two component transcriptional regulator  41.79 
 
 		 247 aa  96.7  9e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167327  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2054  response regulator receiver protein  37.59 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0880044 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1893  two component transcriptional regulator  36.76 
 
 		 235 aa  96.3  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203788 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 235 aa  95.9  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1501  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.153095  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 235 aa  95.9  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  34.33 
 
 		 232 aa  95.5  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  35.56 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 231 aa  95.5  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1116  DNA-binding response regulator  37.31 
 
 		 235 aa  95.5  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.310768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4150  response regulator receiver protein  39.67 
 
 		 125 aa  95.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.583085 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  34.81 
 
 		 235 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  41.03 
 
 		 229 aa  95.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1367  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.35 
 
 		 230 aa  94.7  3e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000177207  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1748  response regulator receiver  40.17 
 
 		 123 aa  94.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.122601  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0216  two component transcriptional regulator  35.77 
 
 		 230 aa  94.7  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.305183 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.17 
 
 		 236 aa  94.7  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 231 aa  94.7  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_926  two-component system, OmpR family, response regulator  40.94 
 
 		 227 aa  94.7  4e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00200634  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3767  response regulator receiver protein  37.6 
 
 		 124 aa  94.4  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0858272 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 229 aa  94.4  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 232 aa  94  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  94  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3695  response regulator receiver  41.86 
 
 		 236 aa  94  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.795948  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.02 
 
 		 235 aa  93.6  7e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0615  two component transcriptional regulator  40.16 
 
 		 228 aa  93.6  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0841359  normal  0.719107 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0791  response regulator receiver domain-containing protein  39.47 
 
 		 125 aa  94  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778943 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3136  phosphate regulon transcriptional regulatory protein PhoB  40.17 
 
 		 229 aa  93.6  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3286  phosphate regulon transcriptional regulatory protein  40.17 
 
 		 230 aa  93.6  7e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0413143 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1456  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 223 aa  94  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000183373  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3276  two component transcriptional regulator  40.17 
 
 		 229 aa  93.6  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 236 aa  93.6  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3538  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 		 237 aa  93.2  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1008  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.32 
 
 		 229 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0471  two component transcriptional regulator  38.06 
 
 		 226 aa  93.2  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.734397 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2915  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.17 
 
 		 229 aa  93.2  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  39.32 
 
 		 231 aa  92.8  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0937  two component transcriptional regulator  38.17 
 
 		 227 aa  93.2  1e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.834094  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 231 aa  93.2  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  35.09 
 
 		 239 aa  93.2  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3302  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.32 
 
 		 229 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2266  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 249 aa  92.8  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00896474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  39.32 
 
 		 229 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0567  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.88 
 
 		 225 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.463355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3106  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.32 
 
 		 229 aa  92.8  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1058  DNA-binding response regulator  37.12 
 
 		 227 aa  92  2e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000187393  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  38.76 
 
 		 236 aa  92.4  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0588  two component transcriptional regulator  36.43 
 
 		 227 aa  92.8  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000451147  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4285  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.09 
 
 		 238 aa  92.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.83647  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 231 aa  92.4  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1491  two component transcriptional regulator  37.04 
 
 		 236 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00391258 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0019  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 235 aa  92.4  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.34 
 
 		 237 aa  92  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  38.69 
 
 		 234 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2952  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 		 225 aa  91.7  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.33 
 
 		 223 aa  91.7  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2242  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.32 
 
 		 224 aa  92  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.415885 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1950  DNA-binding response regulator  36.43 
 
 		 235 aa  91.7  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.100456  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 236 aa  91.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>