More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4137 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4137  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 307 aa  607  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4223  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.61 
 
 		 310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.249037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3899  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.28 
 
 		 310 aa  344  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.492177  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5448  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.83 
 
 		 306 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.424863  normal  0.0455036 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0340  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  46.53 
 
 		 306 aa  247  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2930  L-serine dehydratase, putative  47.7 
 
 		 305 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0776  L-serine ammonia-lyase  50.16 
 
 		 330 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1257  L-serine ammonia-lyase  50.16 
 
 		 330 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.43523  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1229  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.17 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.591536 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.18 
 
 		 305 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7663  putative L-serine ammonia-lyase  48.2 
 
 		 354 aa  229  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1136  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.99 
 
 		 306 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2842  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  48.51 
 
 		 305 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298093 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2762  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.03 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1148  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  50.66 
 
 		 306 aa  220  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177832  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4400  L-serine ammonia-lyase  50.33 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3585  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  49.83 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00950446 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02390  serine family amino acid catabolism-related protein, putative  38.98 
 
 		 331 aa  192  5e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3526  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.3 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.769029  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_5354  predicted protein  45.52 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.86415  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30154  predicted protein  34.09 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04217  hypothetical pyridoxal phosphate requiring enzyme (Eurofung)  38.95 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54974  predicted protein  35.1 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0332644 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00180  L-serine ammonia-lyase, putative  31.93 
 
 		 425 aa  159  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03866  L-serine dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07810)  35.85 
 
 		 444 aa  135  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  37.78 
 
 		 506 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  37.78 
 
 		 506 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  33.56 
 
 		 514 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  33.55 
 
 		 505 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  30.72 
 
 		 517 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  34.31 
 
 		 501 aa  121  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  32.24 
 
 		 526 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  33.1 
 
 		 515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  30.39 
 
 		 517 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  32.45 
 
 		 507 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  32.33 
 
 		 509 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0929  threonine dehydratase  31.12 
 
 		 527 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767774 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  31.1 
 
 		 509 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  31.51 
 
 		 503 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5685  threonine dehydratase  30.66 
 
 		 517 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000112731  normal  0.257645 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  31.1 
 
 		 501 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.29 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  30.59 
 
 		 403 aa  115  8.999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.55 
 
 		 322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  31.25 
 
 		 529 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0644  threonine dehydratase  30.07 
 
 		 549 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0883544 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  28.67 
 
 		 405 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  32.9 
 
 		 353 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  30.42 
 
 		 403 aa  112  5e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  30.77 
 
 		 403 aa  112  7.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  28 
 
 		 408 aa  112  9e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  27.56 
 
 		 418 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  29.37 
 
 		 511 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  29.47 
 
 		 514 aa  110  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  31.33 
 
 		 520 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0303  threonine dehydratase  30.66 
 
 		 565 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0613066  normal  0.380423 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  29.45 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  28.33 
 
 		 343 aa  109  5e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  32.61 
 
 		 414 aa  109  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4123  threonine dehydratase  31.13 
 
 		 510 aa  109  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  29.43 
 
 		 403 aa  108  9.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  30.43 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  29.67 
 
 		 403 aa  108  2e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  29.9 
 
 		 504 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3386  L-threonine ammonia-lyase  32.68 
 
 		 503 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  25.91 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  29.9 
 
 		 504 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  26.1 
 
 		 402 aa  106  5e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  31.78 
 
 		 403 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  31.82 
 
 		 322 aa  105  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191621 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  39.16 
 
 		 323 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0658  threonine dehydratase  31.94 
 
 		 520 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0435798  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  29.26 
 
 		 403 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0679  threonine dehydratase  31.94 
 
 		 520 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0606689  normal  0.228873 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1763  threonine dehydratase, biosynthetic  33.66 
 
 		 512 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0449  threonine dehydratase  32.06 
 
 		 507 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  37.95 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  30.95 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  35.21 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  30.95 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3678  threonine dehydratase  28.33 
 
 		 437 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.376781  normal  0.173616 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0437  threonine dehydratase  29.24 
 
 		 503 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  28.09 
 
 		 408 aa  103  4e-21  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0743  threonine dehydratase  31.12 
 
 		 519 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0056  threonine dehydratase  32.64 
 
 		 344 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.595  hitchhiker  0.00751641 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  48.25 
 
 		 198 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621787  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  29.39 
 
 		 537 aa  102  1e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1431  threonine dehydratase  32.33 
 
 		 509 aa  101  2e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0729808 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  30.35 
 
 		 402 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5911  threonine dehydratase  26.49 
 
 		 424 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.696886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0349  threonine dehydratase  30.4 
 
 		 516 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  30.43 
 
 		 515 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  32.06 
 
 		 531 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  34.76 
 
 		 403 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  30.33 
 
 		 514 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_49047  l-threonine ammonia-lyase  29.66 
 
 		 606 aa  100  4e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.866709  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  32.14 
 
 		 321 aa  99.8  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.87 
 
 		 332 aa  99.8  5e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  34.29 
 
 		 403 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  32.85 
 
 		 403 aa  99.4  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>