More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_26210 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_26210  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  100 
 
 
310 aa  597  1e-170  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 
281 aa  284  1.0000000000000001e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  52.67 
 
 
298 aa  281  8.000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.31 
 
 
272 aa  280  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  51.89 
 
 
303 aa  280  2e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.15 
 
 
307 aa  278  7e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.54 
 
 
278 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.71 
 
 
292 aa  256  4e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  49.26 
 
 
280 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
294 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.09 
 
 
294 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  48.8 
 
 
301 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.8 
 
 
299 aa  249  4e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.18 
 
 
289 aa  249  5e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  46.99 
 
 
274 aa  246  3e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.63 
 
 
301 aa  245  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  45.73 
 
 
301 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.26 
 
 
293 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0463  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.76 
 
 
281 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4710  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.76 
 
 
281 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  47.6 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  47.79 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.87 
 
 
295 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
298 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0320  choline ABC transporter, permease protein  47.17 
 
 
281 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  52.12 
 
 
415 aa  242  6e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  45.08 
 
 
300 aa  242  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  47.62 
 
 
294 aa  242  6e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.54 
 
 
409 aa  241  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.81 
 
 
279 aa  241  1e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  45.24 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  47.6 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.6 
 
 
298 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  45.94 
 
 
298 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06177  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  44.65 
 
 
280 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0295  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.42 
 
 
281 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.698088  hitchhiker  0.0000339096 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.42 
 
 
281 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.247617  normal  0.0422792 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  44.77 
 
 
283 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4913  choline ABC transporter, permease protein  46.42 
 
 
281 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412098 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.08 
 
 
300 aa  239  5e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  44.77 
 
 
283 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  44.04 
 
 
283 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5239  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.42 
 
 
287 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.659983  normal  0.0225177 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  44.48 
 
 
571 aa  238  1e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.77 
 
 
281 aa  237  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.542152 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  45.07 
 
 
355 aa  237  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.04 
 
 
283 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.22 
 
 
376 aa  237  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  48.34 
 
 
300 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  48.34 
 
 
300 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.18 
 
 
277 aa  235  6e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.91 
 
 
285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.77 
 
 
283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  44.24 
 
 
276 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  47.08 
 
 
392 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  46.58 
 
 
354 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.49 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  46.58 
 
 
354 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2824  choline ABC transporter, permease protein  45.19 
 
 
281 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730549  normal  0.134346 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  46.58 
 
 
354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8402  choline ABC transporter, permease protein  46.89 
 
 
285 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.144264  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2815  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.79 
 
 
278 aa  232  5e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0040082  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  45.62 
 
 
374 aa  232  5e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16981  ABC transporter,membrane component, glycine betaine/proline family protein  45.99 
 
 
304 aa  232  5e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.659645 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  46.23 
 
 
354 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  46.23 
 
 
354 aa  232  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000362  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  44.91 
 
 
266 aa  232  6e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.620061  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  42.21 
 
 
575 aa  231  1e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.99 
 
 
282 aa  231  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2497  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.04 
 
 
278 aa  230  2e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0773919  normal  0.709864 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.04 
 
 
278 aa  231  2e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1580  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  45.52 
 
 
278 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  44.24 
 
 
400 aa  231  2e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1525  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  45.52 
 
 
278 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  46.38 
 
 
400 aa  230  2e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0993  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.5 
 
 
281 aa  230  2e-59  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0874142  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  45.55 
 
 
354 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
276 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
300 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  44.25 
 
 
388 aa  229  5e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
288 aa  229  6e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2596  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease  46.43 
 
 
278 aa  228  7e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2515  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  46.43 
 
 
278 aa  228  7e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.328738  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2837  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.79 
 
 
278 aa  228  7e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.148231  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2792  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  46.43 
 
 
278 aa  228  7e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0105765 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>