86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_07680 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_07680  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 166 aa  335  9.999999999999999e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0943  transcriptional regulator, PadR-like family  74.55 
 
 		 166 aa  217  6e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 171 aa  141  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  47.56 
 
 		 191 aa  140  7e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  38.6 
 
 		 190 aa  117  9e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  37.04 
 
 		 186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  44.14 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 173 aa  67.4  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 173 aa  67.4  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 173 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 175 aa  65.5  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 182 aa  64.3  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 183 aa  60.8  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 195 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 183 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4159  transcriptional regulator, PadR-like family  30.19 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  30 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 185 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 196 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  32.35 
 
 		 196 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  27.27 
 
 		 185 aa  55.8  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  29.63 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  25.6 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  29.88 
 
 		 168 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  27.44 
 
 		 176 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 187 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  28.66 
 
 		 176 aa  52.8  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  28.48 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  29.85 
 
 		 172 aa  52.8  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 179 aa  52.4  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 168 aa  52.4  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  29.19 
 
 		 174 aa  52.4  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  25.45 
 
 		 179 aa  52  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 181 aa  52  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 184 aa  52  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  31.31 
 
 		 181 aa  51.6  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1561  transcriptional regulator, PadR-like family  30 
 
 		 187 aa  51.6  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  25.42 
 
 		 178 aa  51.2  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  31.58 
 
 		 179 aa  50.8  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  36.84 
 
 		 187 aa  50.8  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  26.97 
 
 		 175 aa  50.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  29.49 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  25 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  25 
 
 		 179 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  32.61 
 
 		 194 aa  49.7  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 222 aa  48.5  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  27.08 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 175 aa  48.1  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  26.32 
 
 		 179 aa  48.1  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  28 
 
 		 179 aa  47.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  31.25 
 
 		 194 aa  47.8  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  27.37 
 
 		 179 aa  47.8  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  26.42 
 
 		 305 aa  47.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 174 aa  47.8  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 179 aa  47.8  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  27.37 
 
 		 179 aa  47.4  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  29.75 
 
 		 191 aa  47.4  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  26.32 
 
 		 325 aa  47  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  30.95 
 
 		 160 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1562  transcriptional regulator, PadR-like family  26.21 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.553173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  30.49 
 
 		 176 aa  45.8  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  27.62 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  32 
 
 		 210 aa  44.7  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 176 aa  43.9  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 216 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 185 aa  42.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  30.48 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  31.58 
 
 		 195 aa  42.4  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 184 aa  42  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  26.95 
 
 		 185 aa  42  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  26.62 
 
 		 203 aa  41.6  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  35.44 
 
 		 202 aa  41.6  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  25.61 
 
 		 175 aa  41.2  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  27.2 
 
 		 223 aa  40.8  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  29.52 
 
 		 188 aa  40.4  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  30.49 
 
 		 191 aa  40.4  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>