106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4818 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 179 aa  363  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 179 aa  363  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  88.07 
 
 		 178 aa  318  1.9999999999999998e-86  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 196 aa  236  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  62.43 
 
 		 189 aa  226  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  55.11 
 
 		 176 aa  195  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  54.86 
 
 		 177 aa  194  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 179 aa  176  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  50.29 
 
 		 196 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 192 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 185 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 196 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  49.71 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  49.44 
 
 		 183 aa  170  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 202 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  48.09 
 
 		 202 aa  168  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  46.07 
 
 		 184 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  37.99 
 
 		 190 aa  123  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 181 aa  122  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  38.71 
 
 		 189 aa  116  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  35.8 
 
 		 201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  38.07 
 
 		 181 aa  115  3e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  34.3 
 
 		 179 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 183 aa  111  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  35.8 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  97.1  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  30.56 
 
 		 188 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  38.54 
 
 		 172 aa  76.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  37.04 
 
 		 203 aa  75.1  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  38.24 
 
 		 183 aa  74.7  0.0000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  32.53 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  31.12 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  30.94 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  39 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  38.71 
 
 		 187 aa  71.6  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  43.01 
 
 		 174 aa  70.5  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  33.79 
 
 		 175 aa  68.2  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  27.42 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 216 aa  67.8  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  32.6 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 187 aa  67  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  38 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  31.93 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  32.06 
 
 		 210 aa  64.3  0.0000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  29.11 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  32.99 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  36.14 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  24.02 
 
 		 325 aa  58.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  32.09 
 
 		 168 aa  58.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  32.32 
 
 		 194 aa  57  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  36.78 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  31.63 
 
 		 222 aa  55.5  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  32.65 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  29.68 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5624  transcriptional regulator, PadR-like family  27.87 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.218719 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1343  transcriptional regulator PadR family protein  30.71 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3145  PadR-like family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0828  transcriptional regulator, PadR-like family  32.32 
 
 		 202 aa  53.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.845057 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 179 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1177  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 186 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0592255  hitchhiker  0.00870551 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0379  transcriptional regulator, PadR-like family  29.1 
 
 		 177 aa  50.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1864  hypothetical protein  25.89 
 
 		 148 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00461724  normal  0.158626 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  27.27 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  27.34 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0811  PadR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 170 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1362  transcriptional regulator, PadR-like family  28.07 
 
 		 223 aa  48.5  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.323106  normal  0.883441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  25.19 
 
 		 179 aa  48.5  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 174 aa  47.8  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  31 
 
 		 198 aa  47  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0979  transcriptional regulator PadR family protein  27.68 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.334428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0301  transcriptional regulator, PadR-like family  26.92 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06230  predicted transcriptional regulator  29.12 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.946193  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  34.21 
 
 		 217 aa  45.8  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 175 aa  45.8  0.0004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07680  predicted transcriptional regulator  22.58 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  25.32 
 
 		 174 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4689  transcriptional regulator  32.94 
 
 		 177 aa  45.1  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.284032  normal  0.787552 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2808  PadR-like family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 180 aa  44.7  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  29.07 
 
 		 196 aa  44.3  0.0008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0916  PadR-like family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  32 
 
 		 180 aa  43.1  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  30.34 
 
 		 185 aa  42.7  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1695  transcriptional regulator, PadR-like family  30.77 
 
 		 195 aa  42  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000619842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3585  transcriptional regulator, PadR-like family  28 
 
 		 203 aa  42  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.785047  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0943  transcriptional regulator, PadR-like family  30.56 
 
 		 166 aa  42  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>